Cuenta la historia de como tres chicas llamadas: Hikaru, Fuu y Umi que se conocen en la Torre de Tokio y misteriosamente van a parar a otro mundo Cephiro. Y para poder volver a su mundo antes tienen que salvar este.

Konata Izumi, una estudiante japonesa de secundaria que a pesar de ser muy inteligente y atlética no esta en ningún club porque según ella esto interferiría con sus verdaderas pasiones: el Anime y los Videojuegos (en especial los MMORPG y juegos para mayores de 18 años). Siempre se la pasa con sus amigas Kagami Hiiragi, Tsukasa Hiiragi, y Miyuki Takara, donde cada una de ellas tienen diferentes características, pero han logrado enlazar una gran amistad, a pesar de que Konata y Kagami se fastidien de vez en cuando. A lo largo de esta historia veremos como se refuerzan los lazos y la amistad de estas inseparables amigas y como son las vidas de los diferentes personas en el país del sol naciente.

La visual novel está protagonizada por Koki Narumi, un estudiante de instituto que además dibuja un manga en una revista semanal. Como el manga que dibuja es una comedia romántica con mucho erotismo, mantiene en secreto que es dibujante de manga, y solo su hermana menor Toa y su mejor amigo Mihiro saben a qué se dedica. Un día, mientras la presidenta del consejo de estudiantes Kaoruko Rokuonji busca nuevos chicos que se unan al consejo, descubre que Koki es el autor del manga. Así Koki tendrá que unirse al consejo a cambio de que la presidenta no revele su consejo. Sin embargo, Ashe R. Sakuragi, la vicepresidenta, se opone a que Koki entre al consejo, y poco a poco se comienzan a acumular las peticiones y problemas de los estudiantes.

Asagiri Aya es una chica que sufre bullying en su instituto. Buscando alguna forma de escapar de sus problemas, navega por Internet en busca de distracción cuando encuentra una misteriosa web llamada Mahou Shoujo Site. Solo con ver la página, Aya se ve involucrada en el letal mundo del Magical Girl Apocalypse. Se trata de una lucha a vida o muerte contra un despliegue sin fin de máquinas de matar con faldas de volantes, todas ellas armadas con poderes mágicos y una insaciable sed de sangre y caos.

Senran Kagura es una historia de valentía y amor sobre cinco niñas de la Academia Nacional de Hanzo que se entrenan para convertirse en "buen ninja" y luchan por el bien del país en contra de los "malo ninja" que son contratados por las empresas y los políticos corruptos. Todas las chicas están equipadas con la edición ninja estándar.

Nanako Yukishiro es una joven que solo puede comunicarse con los demás usando senryu, un estilo de poesía similar al haiku pero más orientado el humor. Eiji Busujima es un chico con aspecto intimidante pero que es miembro del club de literatura. La historia nos muestra las interacciones de esta peculiar pareja a base de versos de 17 sílabas.

Ao era una niña inocente que en el jardín de infancia contaba cómo su padre, un famoso autor de novelas eróticas, había elegido su nombre: la "A" por "apple" y la "O" por "orgy" (orgía). Ahora, diez años después, todavía se avergüenza de haber contado eso cuando era una niña, así que se esfuerza por entrar a una universidad de élite y poder alejarse de su padre de una vez por todas. No puede perder el tiempo con tonterías de juventud, y menos con chicos... al menos hasta que aparece Kijima, el chico más normal del mundo que se le declara. Ao intentar amar a Kihima, pero es incapaz... porque por culpa de la influencia de su padre, todas las situaciones las transforma en situaciones eróticas.

¡Un silencioso anime de chicas de preparatoria precioso, aunque no hable nadie! Esta es la historia de tres chicas y su divertida vida escolar: la hermosa pero desafortunada Momoko, la chica de aspecto serio Shibumi y la amable y pequeña Mayumi. Se divierten solas, se divierten juntas. Así son las vidas diarias de unas preciosas pero algo tontorronas chicas de preparatoria.

Tsubame Kamoi es una antiguo miembro de las Fuerzas de Autodefensa de Japón que solo ha conocido la instrucción militar. Ahora está desempleada, y encontrar un trabajo que vaya con sus habilidades no es algo precisamente fácil, en especial cuando quiere que en él haya alguna niña pequeña inocente y pura a la que vestir a su gusto y placer. Es su obsesión. Tras mucho buscar aparece su oportunidad: ser criada en una casa donde hay una niña que cumple con sus gustos, pero la niña la odia y quiere echarla.

La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados. El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.

Kyo Mekui es un chico que suele saltarse las clases debido a un trauma de su pasado y cuyo gran pasatiempo es componer canciones con un sintetizador de voz. Un día, tres chicas muy peculiares y distintas entre sí se ponen en contacto con él para que les ayude en sus aspiraciones musicales.

Nino Arisugawa, una chica que adora cantar, experimenta por primera vez el dolor de tener que despedirse de su compañero de la infancia, Momo, que se muda. Después de la partida de Momo y tras hacerse amiga de Yuzu, un compositor, ¡Nino tiene que volver a experimentar otra triste separación! Con la música como única conexión y enlace, ¿cómo acabará este amor no correspondido? Como los dos chicos le prometieron que se volverían a reunir gracias a su canto, Nino se aferra a esa esperanza y sigue intentando que su voz les llegue. Ya en el instituto, Nino vuelve a reunirse por casualidad con Yuzu, pero anhela ver a Momo de nuevo…