El narrador y protagonista de la historia, a quien las personas lo llaman con distintos sobrenombres como “Ii-chan”, “Ii-kun” e “Ii-tan”, pero cuyo verdadero nombre se desconoce, se ve arrastrado hacia el centro de todo, encontrándose con diferentes asesinatos y misterios a pesar de su afán de mantenerse al margen de la historia. A pesar de que parece que dicho protagonista contribuye mucho, al final termina enterándose que cualquier cosa que haya hecho resultó siendo inútil.
Dos chicas de la misma edad y mismo nombre se conocieron en el tren para ir a Tokio. Sus nombres son NANA. Una de ellas es una chica que quiere ser famosa con su grupo de música y la otra quiere estar con su novio que vive en Tokio. Después de conocerse ellas deciden vivir juntas en Tokio. Komatsu Nana comienza su nueva vida en Tokio con su novio Shoji, y los amigos de allí, Junko y Kyosuke. Por otro lado, Osaki Nana se prepara para su debut como vocalista de un grupo de punk rock llamado...
Birdy es una policía interplanetaria que en una misión en la que tiene que atrapar a un criminal galáctico que se ha venido a esconder a la tierra, mata por error a Tsutomo , que es un estudiante japones, y para reparar su error se introduce en el cuerpo del joven Tsutomo para que continue con su vida normal pero con una sola diferencia que cuando Birdy tiene que realizar su trabajo de policia interplanetaria, asume su forma normal.
Como un niño obeso, Makabe Masamune sufrió del implacable acoso y la burla de una chica en particular, Aki Adagaki. Decidido a vengarse algún día de ella, comienza con un riguroso régimen de superación y transformación personal. Años más tarde, resurge como un hombre nuevo: atractivo, popular, con notas perfectas y bueno en los deportes. Masamune se matricula en el mismo instituto de Aki, dispuesto a hacerle pagar por todas las humillaciones que sufrió años atrás. Pero ¿será la venganza tan dulce como él pensaba?
Una vez, había un grupo de amigos de la niñez. Sin embargo, una vez que entraron en el instituto, ellos se distanciaron el uno del otro. Estos son:
Jintan - el "hikikomori".
Anaru - Ella solo quiere andar con sus novias.
Yukiatsu y Tsuruko - Estos dos son apropiados estudiantes yendo a la escuela.
Bobo - Más que entrar al instituto, él había optado para hacer algunos viajes.
Anma - el que que cambia constantemente de grupo.
Un día, Anma encuentra Jintan y le pide realizar su deseo. Para esto, los compañeros largo tiempo separados se juntan una vez más.
Ryougi Shiki, un adolescente que tras despertar de un coma de dos años, producto de un accidente de tránsito, descubre que posee el increíble don de ver la muerte en todo ser vivo debido a los chokushi no magan, unos ojos capaces de percibir la muerte de todas las cosas. Pero siente haber perdido algo a cambio de ese poder. Todo niño nacido en la familia Ryougi (ya que por lo general nacen siempre varones) son entrenados en diversas disciplinas para que logren dividir su personalidad y así formar una clan de seres humanos superiores. Así, todo miembro de la familia posee una personalidad masculina y otra femenina, las cuales utilizan según la ocasión que se les presenta. Luego de despertar, Shiki siente que su personalidad masculina ha muerto en él, lo que le lleva a sustituir la muerte espiritual de esa personalidad por el tono masculino que poseerá en toda la historia. Un mundo tenebroso, donde el cuchillo de Shiki atraerá los reflejos de muchos misterios...
Shiki es un joven cuya vida está rodeada en misterio. Tras vivir 8 años con sus tíos se le permite regresar a la mansión familiar, justo después de la muerte de su padre. Con la mudanza comienza a recordar su infancia, dándose cuenta que su vida era diferente de la que creía, además su vida cambia aún más cuando conoce Arcueid, una vampiresa con la cual tiene un peculiar primer encuentro. Junto a ella, sin que le quede opción, tiene que ayudarla en su cacería nocturna por eliminar a una raza de vampiros malignos.
Kojiro Shindo. Oficina del Gabinete del Director General de Planificación de Políticas, se encuentra en el aeropuerto de Haneda para un viaje de negocios. Mientras el avión está en la pista, una estructura gigante aparece de repente de la nada.
El avión que transportaba a 251 pasajeros y a Shindo acaban dentro de la misteriosa estructura gigante. Después de que todos desembarcaran del avión, un hombre que se parece a un ser humano común se presenta ante ellos. Asegura a los pasajeros del avión que no deben temer ningún peligro. Shindo le pide que se identifique y que explique la situación. A continuación, se muestra el exterior de la estructura en una pantalla grande, y al mismo tiempo, el teléfono móvil de todos los pasajeros empieza a sonar a la vez. En la pantalla de cada teléfono se muestra un mensaje de este misterioso hombre: “Yo, Yaha-kui zaShunina, le informamo que voy a intervenir en los asuntos internos de Japón.” ¿Cuál es la meta de este joven? Shindo pasará a convertirse en un intermediario entre Japón y los Anisotorons …
