La historia se desarrolla en Tokyo, durante el año 2039, 10 años después que un virus llamado ?Lost Christmas? atacase Japón, que ahora se encuentra controlado por la organización de varias naciones llamado GHQ. Ohma Shu tiene 17 años y tiene poderes especiales, la Habilidad del Rey, con el que suele tomar armas y herramientas de sus amigos. Aunque ha estado evitando meterse en problemas, eso cambiará cuando conozca a una chica llamada Yuzuriha Inori,miembro de la resistencia.
Las personas no nacen igual. El protagonista de esta historia es uno de esos casos raros que nacen sin superpoderes, pero esto no le impedirá perseguir su sueño: ser un gran héroe como el legendario All-Might. Para convertirse en el héroe que quiere ser, se apuntará a una de las academias de héroes más prestigiosas del país: Yueiko. Con la ayuda de su ídolo, All-Might, ¿podrá convertirse en un verdadero héroe?
Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO.
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Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendra que hacer equipo.
Chise Hatori, 15 años. Perdida, sin esperanza y sin familia, la compran por dinero. Pero quien la compra no es otra persona, sino un hechicero no humano llamado Elias. Aunque al inicio duda, la joven comenzará una nueva vida como su aprendiz y futura esposa. Se muda y comienza a vivir una nueva vida pacífica, tranquila pero firme, hasta que un día encuentra un libro ilustrado japonés entre los muchos que le envía Angelica desde Londres. Es un libro que ella descubrió en sus años jóvenes, cuando todavía estaba sola y desamparada.