La historia tendrá lugar en una isla, donde el Sistema Fractal ha empezado a colapsar. Un día, Crane encuentra en un precipicio a una chica herida, llamada Phyrne. Ella desaparece dejando un pendiente. Crane y el avatar con forma de niña, Nessa, inician un viaje para Phyrne y descubren el secreto del Sistema Fractal.
Melvin Penal, cumpliendo su condena en la cárcel de la ciudad central de robo, escapa de la cárcel, y viaja hacia el oeste. Ed y Al se dedican a perseguirlo a la ciudad de Milos, donde se encuentran a una misteriosa niña Julia Criton, miembro de una organización llamada "Murciélago Negro".
Melvin Penal, cumpliendo su condena en la cárcel de la ciudad central de robo, escapa de la cárcel, y viaja hacia el oeste. Ed y Al se dedican a perseguirlo a la ciudad de Milos, donde se encuentran a una misteriosa niña Julia Criton, miembro de una organización llamada "Murciélago Negro".
La historia comienza cuando Nozomu Futami, el protagonista, vuelve a la ciudad donde creció para asistir a clases y vivir con su tía, ya que su padre ha conseguido un trabajo como astrónomo en Hawai, y Nozumu ha preferido quedarse en Japón. Su tia es custodia de un templo en el cual hay una piedra que según la leyenda local recuerda la maldición de dos hermanas gemelas que se enamoraron del mismo hombre, y este al no poder elegir por ninguna de las dos, murieron de pena convirtiéndose en dos pequeñas aves; y según dicen es la causa principal que la ciudad tenga más hermanas gemelas de lo normal. Y nozumo tendra que lidiar con el amor de varias gemelas, al igual que la leyenda.
La historia original del manga gira entorno a Chiharu un estudiante de secundaria, obsesionado con los zombies, incluso su sueño es besar a una chica zombie. A través de un conjunto de circunstancias inesperadas, Chiharu conoce a una chica bonita y elegante llamada Rea, juntos tratan de revivir a Baabu el gato de Chiharu quien murió en un accidente. Poco después Chiharu descubre que Rea quiere deshacerse de todas sus responsabilidades mortales convirtiéndose a ella misma en un zombie
Koyuki es un chico japonés de 14 años que entra en la escuela secundaria con dos amigos de la infancia. El primero es Tanabe, el típico pervertido que no puede pensar más que en mujeres y que siempre está intentando fotografiar a las chicas en poses "comprometedoras", y el segundo es una atractiva estudiante llamada Izumi, era casi la única chica con la que se llevaba bien cuando era pequeño. La aburrida vida de Koyuki cambia cuando salva a un perro de extraña apariencia de unos niños que le querían dar una paliza. El dueño de Beck (el perro) resulta ser un guitarrista, Minami Ryuusuke. Los dos se hacen amigos y así comienza su divertida, loca, y a veces peligrosa aventura musical.
Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric tratan de revivirla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia opera bajo la teoría del cambio equivalente y romper el tabú de la alquimia humana acarrea un alto precio. Ed pierde una de sus piernas y Al su cuerpo. Ed logra sellar el alma de Al dentro de una gran armadura, a costa de su brazo. Años después, Ed (ahora con dos extremidades mecánicas) y Al (aún atrapado en la armadura) dejan su casa de la niñez, cada uno preocupado por la felicidad del otro. Ed, quien tuvo un talento y habilidad natural para la alquimia, se convierte en un alquimista con certificado nacional y pronto es conocido en todas partes como el ?Alquimista Fullmetal?. El verdadero objetivo de ambos hermanos es buscar cualquier información sobre la legendaria Piedra Filosofal, con la esperanza de que ésta les permita recobrar sus cuerpos. Todas sus esperanzas descansan en la mítica piedra, que incluso puede no existir.
Su nombre es Avilio, un hombre cuya familia fue asesinada. Para obtener venganza, matará a su amigo. Su nombre es Nero, un hombre que algún día se convertirá en jefe de la mafia. Ahora es el objetivo de una venganza.