Trigun narra la historia de Vash La Estampida, también conocido como El Huracán Humano, y de las dos empleadas de la Sociedad de Seguros Bernardi: Meryl Stryfe y Milly Thompson, que tienen la misión de seguir y minimizar los efectos de los desastres que parecen perseguir a Vash a donde quiera que vaya. Éste parece tener una doble personalidad, alternando entre el idiota inofensivo y el guerrero implacable, pero es siempre un pacifista acérrimo e imparable.
La historia comienza en una ciudad llamada Romdo en la cual habitan humanos y unos robots denominados ?Autoraves?, pero luego ocurren una serie de asesinatos causados por Autoraves infectados con un virus denominado ?Cogito?, el cual dota de emociones a los robots. ?Vincent? un inmigrante encargado de eliminar autoraves infectados se ve involucrado con uno llamado ?PINO? la cual es acusada de causar la infección en la ciudad. Mediante las investigaciones ?Lil Mayer? llega a Vincent del cual se desconoce su pasado, mientras tanto Vincent y pino son expulsados de romdo , Lil comienza a dudar sobre las leyes de la ciudad y decide ir a buscarlo lo que la lleva a comenzar un viaje lleno de secretos y situaciones inesperadas junto a Vincent y pino por el mundo en busca del pasado de Vincent, donde descubrirán a un mundo debastado pero con vida y a unos humanoides denominados Proxys que pueden ser la salvación del mundo.
La historia está protagonizada por Testa, un joven profesor universitario que es un genio de los idiomas. Un superior suyo, el sargento Rossa, lo presenta al departamento de criptoanálisis de los aliados. Allí Testa recibirá instrucciones de descifrar el código de los hombres lobo enemigos, el cual utilizan para encriptar sus transmisiones. Testa queda impresionado cuando descubre que el único sonido que producen las comunicaciones encriptadas es un aullido de lobo. Cuando su investigación no da frutos, decide capturar vivo a un hombre lobo para ayudarle en su criptoanálisis. Cuando ya no le quedan opciones para ello, tiene suerte y encuentra a una mujer lobo, Yonaga.
Mikura, Kurokawa y Harada son los integrantes de la DSA (Danger Service Agency, Agencia de Servicios Peligrosos), una organización que funciona en general al borde de la ley para llevar a cabo trabajos tan variados como los puede hacer una agencia que trabaje igualmente como guardaespaldas, ladrones, detectives o cazarrecompensas.
La historia se sitúa varios meses después de su enfrentamiento con la familia Momoi (Mezzo Forte), enfocándose esencialmente en lo que son las misiones rutinarias de la DSA y en la profundización de la historia personal de los protagonistas.
El protagonista, Van, viaja a través del mundo buscando al Hombre de la mano de garra, quien asesinó a su novia. En su viaje se une a varios viajeros quienes persiguen al mismo asesino. El mundo donde se desarrolla Gun × Sword es el Planeta de las ilusiones sin fin, donde hay personajes diversos. Este planeta posee una luna que lo órbita y posee una tecnología similar a la Tierra, con una pequeñas excepciones, como algunos trajes de combates llamados 'Armaduras'. Se parece a un pueblo del viejo oeste, en donde existe una falta de ley en las áreas más rurales y en las grandes planicies.
El honesto y leal Kamiyama ha ido a parar al conflictivo Instituto Cromartie, donde todo el mundo es un delincuente. Como es de esperar, pasará a ser el jefe de su clase, debido a la lógica invertida de que sólo un conejito realmente duro se atrevería tranquilamente a estar entre una manada de leones. Así empieza una historia que parodia cada uno de los tópicos del anime de "tipos duros" hasta límites insospechados. Ah, y Freddie Mercury también sale.
La historia se acontece a mediados del siglo 21 cuando debido al calentamiento global Tokio se ha convertido en una ciudad tropical.Para reducir la temperatura del centro de la cuidad en 5ºC, se planea reforestar la ciudad entera convirtiéndola en la ciudad bosque más grande del mundo. Sin embargo, a pesar de la afluencia de refugiados a la nueva ciudad de Atlas, no hay muchos residentes que realmente puedan vivir ahí, y aun más, guerrillas antigubernamentales tratan de detener la reforestación.
