La historia nos traslada a un mundo en el que la humanidad estuvo a punto de ser exterminada cientos de años atrás por los gigantes. Los gigantes son enormes, parecen no ser inteligentes y devoran seres humanos. Lo peor es que parece que lo hacen por placer y no por alimentarse. Una pequeña parte de la humanidad ha conseguido sobrevivir protegiéndose en una ciudad con unos altísimos muros, más altos que el mayor de los gigantes. La ciudad vive su vida tranquila, y hace más de 100 años que ningún gigante aparece por allí. Eren y su hermana adoptiva Mikasa son todavía unos adolescentes cuando ven algo horroroso: un gigante mucho mayor que todos los que la humanidad había conocido hasta el momento está destruyendo los muros de la ciudad. No pasa mucho tiempo hasta que los gigantes entran por el hueco abierto en el muro y comienzan a devorar a la gente.
El protagonista de esta historia, Yuu Haruna, un chico al que le encanta usar Twitter, acaba de mudarse a la ciudad con sus hermanas después de que sus padres se marchasen al extranjero por motivos de trabajo. Una noche, mientras sale a comprar la cena, se topa con una misteriosa chica, llamada Fuuka Akitsuki, la cual le rompe su teléfono creyendo que iba a fotografiarle su ropa interior. Así da inicio un encuentro que cambiará sus vidas.
Todo el mundo ve a Hanabi y Mugi como una bonita pareja con una conducta excelente. Sin embargo, tras su relación aparentemente perfecta se esconde un secreto que no le pueden contar a nadie...
En el siglo pasado, la humanidad fue atacada por un desastre sin precedentes... el impacto “Invertia”. El mundo fue completamente destruido.
Sin embargo, los humanos adquirieron un nuevo poder: el “Genestella”.
Se trata de un par de chicos extraños llamados Ginji Amano o "Emperador relámpago" y Ban Midou, los cuales tienen una organización llamada "Get Backers", que garantizan recuperar cualquier cosa con una tasa del 100% de efectividad. Aún cuando parecen ser muchachos comunes y corrientes, poseen unos extraños poderes sobrehumanos, pero también sentimientos nobles, los cuales, aunque siempre tengan mala suerte con el dinero, les ayuda a tener aliados de su parte. Gracias a sus habilidades, siempre cumplen con su misión de recuperación.
Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.