Taiga Kagami es un novato que acaba de entrar al Instituto Seirin, donde conoce a Tetsuya Kuroko, otro novato que se ha unido al club de basket ball. Kuroko era el sexto miembro del conocido equipo "Generación de los milagros" de la escuela secundaria Teiko, aunque nunca llegó a salir a la luz. Con el paso al instituto, cada uno de los miembros del equipo irán a institutos diferentes, donde intentarán convertir a sus equipos en el mejor de todos.
La historia de suspenso psicológico gira en torno a las personas que poseen la capacidad de infiltrarse en las mentes humanas y manipular los recuerdos. Sus poderes han sido utilizados con frecuencia en el mundo para encubrir accidentes, asesinatos y todo tipo de crímenes.
Cuando aún era una niña, Kotoko fue secuestrada por un yokai (una criatura que toma características humanas y animales). Estos espíritus la convirtieron en una poderosa intermediaria entre el mundo espiritual y el de los humanos, pero este poder tenía un precio: un ojo y una pierna. Ahora, años más tarde, vigila a los peligrosos yokai y va desarrollando sentimientos por un joven llamado Kuro, quien posee poderes curativos a causa de un incidente con un yokai y a quien le pide que se una al equipo para manejar a los renegados yokai, preservando la delgada línea entre la realidad y lo sobrenatural.
«Hanako-san, Hanako-san… ¿estás ahí?»
En la Academia Kamome, abundan los rumores sobre los llamados Siete Misterios de la escuela, uno de los cuales es Hanako-san. Se dice que si utilizas el tercer puesto del baño de mujeres del tercer piso en el viejo edificio de la escuela, Hanako-san te concederá cualquier deseo una vez la invoques.
Nene Yashiro, una chica de preparatoria y estudiante de la Academia amante del ocultismo, se aventura a este baño encantado… ¡pero el Hanako-san que todos creían no tiene nada que ver con lo que imaginaban! ¡Resulta que Hanako-san en la Academia Kamome… es un niño!
Yuma es una estudiante de segundo de preparatoria/instituto que disfruta de la vida con su primer novio. Lo logró gracias a los consejos de su buena amiga Hotaru, quien ha tenido muchos novios, pero poco a poco los consejos para que la ayude con su nuevo novio deriva en que ambas experimenten cosas que con sus novios no pueden experimentar. Esta relación secreta entre Yuma y Hotaru comienza a subir de nivel poco a poco, y Yuma acaba viéndose incapaz de negar lo que siente cuando está con Hotaru. Las dos chicas continuarán con su relación mientras mantienen las que tienen con sus novios.
Tomoki Sakai es parte del MDC “Mizuki Diving Club”. No obstante, el equipo no está haciéndolo demasiado bien y sus patrocinadores están a punto de retirarles su apoyo, pero aún queda un rayo de esperanza. Si su nuevo entrenador, Kayoko Asaki, les consigue meter en las Olimpiadas mantendrán su apoyo. ¿Podrán conseguir este reto y mantener vivo su club?
Es primavera, ese momento en el que los nuevos estudiantes comienzan a acostumbrarse a su vida escolar. Los estudiantes de primer curso Haruki Mishima y Toure Honda están ansiosos por la idea. Por su parte, Nana Sanagi, el único miembro del club de cocina, continúa sus actividades de club desde que estaba en primaria, esforzándose en el trabajo que le dio su asesor mientras sus compañeros Mikado Nakajima y Masamuna Sakurakoji cuidan de él con una sonrisa. Lo que une a todos ellos son las visitas a un combini tras salir del instituto, aunque cada uno va por una razón diferente: Para comer helado tras acabar las actividades del club, para comprar la última entrega semanal de una revista de juegos de vídeo, para comprar ingredientes para cocinar, para quedar con amigos o para comprar su pan o su batido de chocolate favorito. De este modo, el combini se convierte en un lugar en el que pueden encontrarse, relajarse y crear pequeños recuerdos.
A partir de ahora, las razones por las que van al combini irán cambiando poco a poco…
La historia gira en torno a Hiraga Josef Kou, un genio científico, y Robert Nicholas, experto en criptoanálisis y archivos. Ambos trabajan juntos y son conocidos como los “investigadores de milagros” del Vaticano, viajando por todo el mundo para investigar la autenticidad de los supuestos milagros que ocurren.