La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?

Ichiro Suzuki, conocido como "Satou", es un programador en plena marcha fúnebre. Cuando un día se despierta después de lo que supuestamente iba a ser una siesta normal, se encuentra en otro mundo... Lo que ve ante él parece la pantalla del menú del juego en el que estaba trabajando antes de dormirse, y es un novato de nivel 1. Por suerte tiene acceso a la nueva función de "mostrar todo el mapa" que acababa de implementar para ayudar a los novatos y tres usos de la magia "Lluvia de meteoritos", la cual puede acabar con todos los enemigos de un mapa completo.

Hideki Nishimura es un joven que se confesó a quien creía que era una chica en Internet, pero resultó ser un chico. Este hecho le marcó y lo guarda como un angustioso recuerdo que no cuenta a nadie por lo que juró no creer nunca más a nadie en Internet. Sin embargo, un día una joven de Internet se le confiesa a él, y resulta ser una hermosa muchacha llamada Ako Tamaki. Ako no sabe distinguir la realidad del mundo online, es bastante solitaria y tiene graves problemas de comunicación. Así pues, Hideki y sus amigos de la guild trabajarán juntos para ayudarla.

El rey demonio llamado Sadao está a un paso de conquistar su mundo alternativo cuando se transporta al Tokyo de nuestro mundo. Él termina trabajando a tiempo parcial en un restaurante de comida rápida a fin de mes. Con el fin de conquistar Japón, tiene que dar el primer paso y pasar de un empleado temporal a un empleado completo. Mientras tanto, la heroína Emilia llegó a Japón también, en persecución de Sadao.

Kisaragi Amatsuyu es invitado bella estudiante de último año Cosmos y su amiga de la infancia Himawari. Esperando escuchar sus confesiones, él triunfalmente se encuentra con cada una de ellos. Pero Cosmos y Himawari confiesan a Amatsuyu que les gusta su amigo. Amatsuyu lucha en esta batalla solitaria, pero hay otra chica que lo está mirando. Ella es una niña sombría con gafas y trenzas. Amatsuyu descubre que la odia, porque ella siempre pone su lengua afilada solo sobre él y encuentra placer en sus problemas. Pero resulta que ella es la única a la que realmente le gusta.

La vida de Kaname Sudo cambia cuando recibe una invitación en su móvil para participar en un juego. Tan pronto como es mordido por una serpiente virtual que aparece en la pantalla de su teléfono, se convierte en esclavo de una competencia despiadada,”Darwin’s Game”, un verdadero espacio urbano en el que los participantes interconectados a través de una red social compiten en duelos hasta la muerte. Muy rápidamente, el estudiante de instituto debe enfrentar el hecho: incluso si intenta escapar del juego, sus oponentes, atraídos por el atractivo del dinero y la emoción de la pelea, están listos para hacer cualquier cosa para encontrarlo.

Mishishio Nagasumi decide irse de vacaciones a la playa para visitar a su abuela. Dentro del agua, y alejado de la orilla, un calambre en la pierna causa que esté a punto de ahogarse; sin embargo, una sirena llamada San le salva la vida. Debido al código de honor existente entre tritones, sirenas y humanos una de las partes debe morir. Para evitar esto, San, le propone casamiento a Nagasumi; sin embargo su padre, mafioso al estilo yakuza, expresando su total desacuerdo, le hará sufrir mil desventuras a su futuro yerno.

Jun es una chica que se ha quedado sin habla. Hace tiempo fue una chica muy feliz, pero debido a cierta cosa que dijo cuando era muy joven, su familia quedó destrozada. Un día, apareció una hada que le quitó la habilidad para hablar para que no hiciese daño a nadie más. Desde esa traumática experiencia, Jun vive en las sombras, alejada de los centros de atención. Pero un día, es nominada a convertirse en miembro ejecutivo del consejo de la comunidad. Y además de esto, Jun también es la elegida para interpretar a la protagonista de su musical...

Mei Tachibana ha gastado 16 años sin hacer ningún amigo y sin tener novio. Un día, ella golpea a uno de los chicos más populares del instituto, Yamato Kurosawa, por un malentendido, aunque parece que a partir de ahí, a él comienza a gustarle. Por suerte, él protege a Mei de un hombre que la sigue a todas partes...¿con un beso?

Es verano y el festival de fuegos artificiales se acerca. Nazuka Oikawa pronto se trasladará a otro instituto como consecuencia del nuevo matrimonio de su madre. La joven querrá huir del incierto destino que la espera y decide convencer a Norimichi Shimada para que se escape con ella. Sin embargo, su amigo por miedo a las represalias no acepta su propuesta. Arrepentido de su decisión, Norimichi lanzará una misteriosa bola al mar que le hará regresar al día y momento en el que Nazuna le pide que se fugue con ella. ¿Cuáles serán las consecuencias de este mágico acontecimiento, en un día que se repite una y otra vez?

Un protagonista anónimo encuentra un día un diario en un hospital que pertenece a su compañera de clase Sakura Yamauchi. En él descubre que la chica padece una enfermedad terminal en el páncreas y que le quedan pocos meses de vida. Sakura explica que el protagonista es la única persona ajena a su familia que conoce su condición y este le promete guardar su secreto. A pesar de que sus personalidades son totalmente opuestas, el protagonista decide pasar junto a Sakura sus últimos meses de vida.