El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokio-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (Supremo Comandante de NERV), con la amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 para luchar contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.

El anime sigue la vida diaria de una seria, esforzada chica de oficina llamada Kaoru y su esposo otaku, Hajime, que está totalmente inmerso en un gigantesco sistema de anuncios en la internet.

La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.

La serie está protagonizada por un héroe que ha entrenado tanto que se ha quedado calvo, y tiene tanta fuerza que puede acabar con cualquier enemigo de un solo puñetazo. Sin embargo, al ser tan fuerte, se aburre y se frustra porque no le cuesta nada vencer sus batallas.

La historia da comienzo cuando Yggdrasil, un popular juego online, es cerrado un día sin previo aviso. Sin embargo, el protagonista, Momonga, decide no salir del juego. Momonga así se transforma y se convierte en “el mago más poderoso”. El mundo sigue cambiando con él dentro, y los NPCs comienzan a sentir emociones. Sin familia, amigos ni lugar en la sociedad, Momonga tendrá que luchar por adaptarse al nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.

Después de que una espantosa guerra causara estragos en la población general, los gobiernos del mundo recurrieron a una táctica más escurridiza para promover sus agendas: una guerra librada en las sombras. Lily, una hermosa chica de cabellos blancos, es una estudiante de una de las muchas instituciones que entrenan a los jóvenes para que se conviertan en espías capaces. Desgraciadamente, a pesar de sacar buenas notas en los exámenes escritos, sólo consigue aprobar a duras penas las prácticas. Sin ninguna habilidad en el mundo real, sus esperanzas de graduarse son escasas, hasta que se le ofrece la oportunidad de unirse al misterioso equipo “Tomoshibi” y participar en una misión intransitable. Entusiasmada por la perspectiva de trabajar con la élite, Lily acepta con entusiasmo. Sin embargo, se queda muda cuando llega al Palacio Kagerou y sale a la luz el verdadero propósito de Tomoshibi y su desesperada situación. Acompañada de otras espías problemáticas y de un misterioso joven que encabeza la operación, Lily se da cuenta de que no es la escapada ideal que había imaginado.

Momose dejó su anterior trabajo debido al acoso de su jefe. Temiendo que Shirosaki, su nuevo jefe, sea igual de terrible que el anterior, empieza su primer día de trabajo muy nervioso. Mientras espera para la presentación, Momose intenta relajarse, pero tan pronto aparece Shirosaki, desaparecen sus preocupaciones. Parece ser que el nuevo jefe de Momose es un cabezahueca al que le gusta hacer el tonto.

Cuando Adachi cumplió los 30 años siendo virgen, recibió un peculiar don: la capacidad de leer la mente de cualquiera a quien toque. Pensando en qué hacer con este misterioso nuevo poder, decide probar suerte leyendo la mente de su colega de trabajo Kurosawa. Lo que descubre es que el popular tipo de ventas, ¡está enamorado de él! ¿Cómo actuará Adachi ante los afectuosos pensamientos de su compañero?

En una conmovedora historia de amor y aceptación, Masaki Fujiyoshi, un amo de casa, se enfrenta a los prejuicios sociales junto a su querido marido, Hiromu Fujiyoshi, y su adorable hijo, Hikari. A través de dudas y desafíos, su vínculo se hace más fuerte, convirtiéndose en una fuente de bondad y comprensión en su nuevo entorno en las afueras. Únete a este agridulce viaje de los Fujiyoshi en el que el amor siempre vence.