La serie se centra en Komoyi Araragi, un estudiante de tercer año de secundaria, quien trata de vivir su vida normal de nuevo tras haber sido un vampiro. Un día, una compañera de clase llamada Hitagi Senj?gahara,(quien tiene la fama de no hablar con nadie), se cae de las escaleras y aterriza en los brazos de Araragi El se percata de que Hitagi pesa muy poco para su estatura. Tras una charla con ella, Komoyi le ofrece su ayuda y le presenta a Meme Oshino, un hombre de mediana edad quien ayudo a nuestro protagonista a volver a ser humano. A lo largo de la serie Araragi comienza a conocer casos de otras personas que han tenido encuentros paranormales como los de el y decide ayudarles (curiosamente son puras chicas).
Después de los sucesos ocurridos en Bakemonogatari, para todos llega una época de cambio, sin embargo, eso no implica que las excentricidades dejen de hacer lo suyo. Karen y Tsukihi Araragi, las hermanas de Koyomi, serán quienes se vean involucradas esta vez con extrañas criaturas. Karen será envenenada por una "abeja", mientras que Tsukihi se verá en peligro debido a que es la reencarnación de un fénix. En esta ocasión, varios especialistas en excentricidades se acercarán a ellas para intentar hacerles daño y Araragi y Shinobu deberán protegerlas a toda costa.
Situada después de Nisemonogatari, esta temporada cuenta con 5 historias -contadas en 6 libros-, cada una dedicada a cada amiga de Araragi: Hanekawa enfrentará a sus propios miedos personificados por una entidad que parece tener el poder y la determinación de destruir su vida entera. Araragi y Shinobu viajarán en el tiempo para intentar salvar a Mayoi de la muerte, pero se encontrarán con un gran y drástico cambio debido a su ausencia. El mundo ha sido destruido y el Kaii Killer habrá sumido todo en la destrucción total. Nadeko se entera que Araragi tiene novia. Su furia la llevará a involucrarse por sí misma con un dios para vengarse y reprimir sus sentimientos a la fuerza. Araragi estará en peligro de muerte y Hitagi está dispuesta a hacer lo que sea para salvar su vida. Mayoi es perseguida por un extraño ser conocido como Kuroyami, Shinobu nos narra la historia de cuando pretendió ser un dios y de cómo creó a su primer sirviente hace 400 años. Kanbaru, quien creía estar totalmente alejada del incidente del brazo de demonio, es arrastrada a un problema mucho más grande: Akuma-san está recolectando todas las partes de aquel demonio y debe ser detenido antes de que sea demasiado tarde. Historias con giros y desarrollos increíbles serán narrados en la segunda parte de esta serie, al final de la cual sólo quedará la pregunta: ¿habrán sido todas estas desgracias una mera coincidencia, una tras otra?
Después de los acontecimientos de Hitagi End, Araragi está tratando de centrarse en el estudio para el examen de ingreso a la universidad. Una mañana, mirando el espejo en el baño, Araragi descubre que no puede ver su reflejo en el espejo, un fenómeno que sólo los verdaderos vampiros tienen. Él habla con Shinobu sobre este problema y ella sugiere preguntar al experto que se especializa en excentricidades inmortales, Kagenui Yozuru y su familiar Ononoki Yotsugi.
Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.
La comedia romántica de instituto gira en torno a un estudiante de secundario llamado Sorata Kanda, el cual vive en el Sakurasou, el dormitorio para chicos problemáticos del instituto. Un día, Mashiro Shiina, una chica monísima que encima es una brillante artista, se muda a vivir a dicho dormitorio. Sorata decide que debe proteger a la aparentemente frágil Mashiro de la gentuza del Sakurasou, y resulta que no se equivoca: Mashiro no tiene ni idea de cómo cuidar de sí misma. Se pierde cuando sale a la calle, no sabe doblarse la ropa y tiene la habitación hecho un desastre. Al final los muchachos del Sakurasou consideran a Sorata como el ?dueño? de Mashiro, y habrán de vivir en el dormitorio bajo la idea de que todos les vean como ?dueño y mascota?.
Su historia original gira en torno a Nick y Worick, dos hombres que trabajan tanto para la mafia como para la policía en Ergastulum, una ciudad podrida llena de mafias, matones, prostitutas y policías corruptos.
El mundo entero esta siendo dominado por una enfermedad mortal, esto convierte a los humanos en zombies. En Japón, muchos estudiantes de la preparatoria Fujimi, y la enfermera de la escuela, estaran juntos trantando de sobrevivir al presente Apocalipsis. La historia se centra en Takashi Komuro, uno de los estudiantes que ha sobrevivido a esta grave enfermedad.
