Satsuki perdió a su hermana que se suicidó, y ha vivido una vida deprimente desde entonces. Un día, es transportado a un mundo extraño "Red Night" (Noche Roja) junto con su amiga Minase Yuka. Para poder sobrevivir y escapar de Red Night, él peleará contra los Dark Spirits (Espíritus Oscuros) [Ralva] y Black Knights (Caballeros Negros).
La historia se centra en una clase maldita y en los hilos del destino que llevan a todos los alumnos y alumnas de la misma hasta a la muerte. Hacía 26 años iba a esa clase una chica llamada Misaki. Buena deportista, popular, caía bien a todo el mundo, las mejores notas? pero un día murió dejando un vacío enorme en sus compañeros de clases. Estos, decididos a no olvidarla, siguieron actuando como si Misaki siguiera viva hasta la graduación. Años después, en primavera de 1998, un chico llamado Koichi Sakakibara es transferido a esa clase para no tardar en darse cuenta de que hay algo raro ahí, especialmente con esa tal Misaki que siempre ve al fondo de clase dibujando sola y que lleva un parche.
Los estudiantes de la clase 3-E tienen una misión: asesinar a su profesor antes de la graduación. Él ya ha destruido la luna, y prometió destruir la Tierra si no es asesinado dentro de un año. Pero, ¿cómo podrá esta clase de inadaptados asesinar a un pulpo extraterrestre, capaz de alcanzar la velocidad Mach 20, y que quizás ha sido el mejor profesor que han tenido?
Los subhumanos no pueden morir. Aparecieron por primera vez en Africa durante un conflicto bélico, hace diecisete años. A partir de entonces, más especímenes han ido apareciendo en la sociedad humana y, para fines experimentales, el gobierno recompensará generosamente a cualquiera que capture uno. Ajeno a ello, un estudiante de bachillerato se dispone a comenzar sus vacaciones de verano, incapaz de pensar que su vida está a punto de tomar un giro inesperado.
Los Ajin son humanos que no pueden morir que aparecieron por primera vez en un campo de batalla en África hace 17 años. Desde entonces, se han ido descubriendo más entre el resto de miembros de la sociedad humana. Al ser tan poco comunes, el gobierno está dispuesto a recompensar generosamente a cualquiera que capture a uno para sus experimentos. En el presente, la vida de un estudiante de instituto normal llamado Kei da un giro de 180 grados cuando después de un accidente mortal descubre ser un Ajin. Con ayuda de su mejor amigo, Kei intentará ocultar al resto lo que es realmente, hasta que un grupo de Ajin lo encuentra y le ofrece unirse a ellos para preparar una ofensiva contra la humanidad.