Un territorio inescrutable e inexplorado conocido como Hell's Gate (La Puerta del Infierno), hizo aparición de pronto en el pasado, privando a Tokyo de su cielo original. Como consecuencia, aparecieron también personas con habilidades especiales, los Dolls (Marionetas) y los Contratistas. Las Marionetas son mediums carentes de emoción, mientras que los Contratistas poseen ciertos poderes especiales, y parecen tener como principal finalidad la de matar. Las agencias de inteligencia de todo el mundo utilizan Contratistas para encubrir secretos relacionados con la Hell's Gate, y llevan a cabo violentas batallas por la posesión de información al respecto.
La historia se ambienta en una ciudad de estudiantes superhumanos científicamente avanzados y en un mundo donde la magia es real. La mano derecha de Toma Kamijo, el ?Imagine Breaker? negará toda la magia, poderes divinos o mentales, pero no su propia suerte. Un día encuentra una chica joven colgando de su balcón que resulta ser una monja de la iglesia de Inglaterra en cuya mente ha sido implementado el índice ?Librorium-Prohibitorum?, es decir, todos los libros y textos sobre magia que la iglesia quitó de la circulación.
Yoshimori Sumimura, un estudiante, es un kekkaishi por las noches (cazador de demonios); su especialidad es crear una barrera mágica alrededor de su presa. Durante el día, tiene otros demonios que combatir, como su adicción a las golosinas y a su malhumorado abuelo. Tokine Yukimura, de 16 años, vecina y amiga de la infancia de Yoshimori, también es una kekkaishi; sin embargo sus familias están enfrentadas en una disputa para determinar quién es el mejor en ese terreno...
Un territorio misterioso, poblado por humanos temerosos de su único depredador, los "yomas". Para poder hacerles frente, se ven forzados a recurrir a algo igual de temible, unos seres creados con poderes sobrenaturales capaces de encontrarles y matarles, mujeres mitad humano mitad yoma, de bellos ojos plateados de mirada profunda, las llaman "Brujas de ojos plateados" o simplemente "Claymore". Sólo se subordinan a "La Organización" y su única regla inquebrantable es no matar humanos jamás. Una de ellas, Clare, conoce a un joven interesado en seguirla, Raki, quien se convertirá en el ser más valioso para ella. En su travesía, Clare encontrará nuevas aliadas e irá descubriendo las horribles verdades que hay detrás de "La Organización" y deberá luchar por su vida y su venganza personal.
