Japón creó un exoesqueleto armado impulsado, el Infinite Stratos (IS), y esto se hizo la corriente principal de armas. Sólo las mujeres pueden hacer funcionar el IS, ya que las mujeres dominan la sociedad sobre hombres. Orimura Ichika es un muchacho de 15 años y por casualidad toca un IS colocado en la escuela de entrenamiento pilota para IS. Él es la única persona que puede ocupar al IS y forzó para entrar en la escuela de entrenamiento. La vida ocupada de la escuela de Ichika rodeada por muchachas ha comenzado.
Cada día es un día normal en el pequeño pueblo donde Kasuga Arata vive. Sin embargo, todo cambió en día del Sol Negro, y seguido de ello, un mago aparece ante él. El Sol Negro causó el Fenómeno del Desglose que destruyó el pueblo de Arata. A causa de esto, su vida normal fue reconstruida
La historia comienza con Jonathan Joestar, que vive con su padre George en Inglaterra con un nivel económico alto. Otro chico Dio Brando es adoptado por ellos dos ya que George creía que su padre Dario Brando les había salvado la vida. Jonathan trata de ser amigo de Dio, pero el plan de Dio es llevar a JoJo a la locura y ganar la confianza de George para conventirse en el heredero de la fortuna Joestar. Para lograrlo Dio golpea a Jonathan, besa a su novia Erina y quema a su perro Danny, y al mismo tiempo se gana la confianza de George con sus buenos modales, pero eso es solo el comienzo todo se complica cuando DIO se cruza con la "mascara del demonio" y su odio por jojo deja de ser un asunto de dinero. La Historia sigue con todos los susesores de Jonathan Joestar(JoJo), hijos, nietos que comparten sus ideales
En 1989, Joseph viaja a Japón en busca de la ayuda de su nieto Jotaro Kujo, dado que ambos han desarrollado un misterioso poder conocido como Stand en el momento en el que Dio vuelve a la vida, ahora usando el cuerpo de su ancestro Jonathan Joestar a su voluntad. Como resultado de esto, la madre de Jotaro cae enferma al desarrollar un Stand que no puede soportar dado las condiciones de su cuerpo. Jotaro y Joseph, acompañados de Mohammed Avdol, Noriaki Kakyoin, Jean Pierre Polnareff y el perro Iggy, viajan a través de Asia para encontrar a Dio y matarlo para curar a la madre de Jotaro, luchando contra otros usuarios de Stand enviados por Dio en el camino.
