Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.
A causa de cierto incidente, Tarou Sado parece tener un problema con su cuerpo. Este chico es un completo masoquista (lo que significa que obtiene placer de cantidades extremas de dolor.) en orden de curar su cuerpo,para asi poder confesar su amor "Hime Shihori", se fue al Club de voluntarios del cual habia oido decir ellos cumpliarian cualquier deseo de los estudiantes. Ahi entra en contacto con Mio Isurugi, chica de gran belleza y un "MASIVO" Complejo de Superioridad (Ella cree ser un dios). así como Arashiko Yuuno, Quien parece ser la causa verdadera por la que padece esta "enfermedad"...
La historia trata sobre el "delincuente juvenil más fuerte", Oga Tatsumi, quien está en el primer año de la Escuela Ishiyama, la escuela para delincuentes. Pero un día mientras dormía cerca a un río, mira a un hombre flotar en el río, quien de repente se parte en dos, y sale de él un bebé. Este bebé es el hijo del Rey demonio quien fue enviado para destruir la tierra, y Oga fue elegido para criarlo junto con la sirvienta del bebé, Hilda. La historia cuenta la vida de Oga Tatsumi con el niño y la escuela para delincuentes. Aunque la historia realmente empieza cuando él le comienza a contar a su mejor (y único) amigo Furuichi Takayuki cómo encontró al bebe.
Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
La historia se centra en torno a un chico llamado Akihisa Yoshii, también conocido como el tonto. Él asiste a la Academia Fumizuki , una escuela donde el personal divide rígidamente a los estudiantes según los resultados de sus pruebas. En este caso, la clase A se llena de estudiantes con las más altas calificaciones, por lo que su clase está llena de lujos, mientras que el estado de la clase F es el contrario, dejando mucho que desear. Esta academia tiene algo especial, donde todos los estudiantes (con permiso de los profesores) logran invocar seres (Sh?kanj?). Estos seres, cuyos puntos de fuerza son medidos por las calificaciones ?que sus convocadores obtuvieron en sus exámenes? se utilizan para las batallas entre las clases. La clase A está llena de seres fuertes, mientras que la clase F tiene bestias drásticamente débiles en comparación. En el día de la prueba de nivel, una chica inteligente llamada Mizuki Himeji sufre de una fiebre y no puede completar su prueba. Como resultado, ella es enviada a la Clase F, junto con Akihisa Yoshii. Akihisa, que se preocupa por su salud, declara un EIB (Examen de Invocacion en Batalla) a la clase A para obtener más privilegios para su clase. Además de Mizuki (que pasa a ser el segundo lugar de estudiantes en todo el año), también asisten a la clase F el mejor amigo de Yoshii, Y?ji Sakamoto, el bish?nen Kinoshita Hideyoshi, el pervertido Kouta Tsuchiya, y la chica marimacha Minami Shimada (quien Akihisa reivindica como su peor enemigo ).
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Kurosaki Ichigo es un estudiante de instituto de 15 años, que tiene una peculiaridad: es capaz de ver, oír y hablar con fantasmas. Pero no sabe hasta dónde puede abarcar la clasificación de espíritus, ni lo que conlleva el saberlo. Un buen día, una extraña chica de pequeña estatura que viste ropas negras de samurai entra en su cuarto. Se llama Rukia Kuchiki, y es una Shinigami (Dios de la Muerte). Ante la incredulidad de Ichigo, le explica que su trabajo es mandar a las almas buenas o plus a un lugar llamado la Sociedad de Almas, y eliminar a las almas malignas o hollows. Luego junto a Inoue Orihime, Ishida Ury y Sado Yasutora se veran envueltos en diferentes batallas, las cuales iran desarrollando sus diferentes habilidades que le otorgaran a cada uno su importancia en la serie.
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