La historia se centra en Kanata Age, un muchacho que vive en la academia flotante de la ciudad de Misutogan. El que fuese laureado como el “Maestro de la espada oscuro” como el líder del equipo S128, es ahora tachado de traidor y por eso es relegado como instructor a uno de los peores grupos de la academia, el equipo E601, compuesto por las chicas Misora Whitale, Lecty Eisenach y Rico Flame que van a darle más de un dolor de cabeza.
La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.
Después de descubrir que trabajan en la misma compañía, un otaku gamer y una fujoshi se reúnen por primera vez desde la secundaria. Después de algunas sesiones de bebidas después del trabajo, empiezan a salir, sin embargo, ¿esta será la relación perfecta para los dos?
¡Todo vale en el amor y en la guerra! Dos genios. Dos cerebros. Dos corazones. Una batalla. ¡¿Quién declarará primero su amor?! Kaguya Shinomiya y Miyuki Shirogane son dos prodigios de gran inteligencia y quienes controlan el consejo de estudiantes de su prestigiosa academia, lo que las convierte en la crème de la crème de la élite. Pero claro, estar en la cima es algo que incluye una buena dosis de soledad como extra, y ambos acaban enamorándose el uno del otro. ¿El problema? Que ambos son demasiado orgullosos como para admitir que están enamorados, así que el primero que lo admita, ¡será el perdedor! Comienza su batalla diaria para intentar forzar al otro a declararse primero.
Natsuo es un chico de preparatoria que está perdidamente enamorado de su alegre y popular maestra llamada Hina. Sin embargo, un día en una reunión conoce a una chica malhumorada llamada Rui y termina durmiendo con ella. Poco después, el padre de Natsuo le dice que se casará de nuevo con una mujer que tiene 2 hijas, para sorpresa de Natsuo las hijas resultan ser Hina y Rui.
Fuutarou Uesugi es un estudiante de segundo año de preparatoria/instituto cuya familia siempre ha sido muy pobre. Un día recibe una suculenta oferta de trabajo como tutor a medio tiempo... ¡pero sus estudiantes resultan ser unas chicas de su propia clase! Para complicar más las cosas, son quintillizas... Las cinco hermanas son todas muy atractivas, pero no es lo único que tienen en común: todas odian estudiar y sus calificaciones siempre están al límite de la catástrofe. Tendrá que conseguir que las cinco estudien, pero primero tendrá que estudiar él cómo ganarse su confianza.
Iwatani Naofumi es el típico otaku, al menos hasta que un día encuentra en la biblioteca un libro que lo transporta a otro mundo. Allí se convertirá en el Héroe del Escudo, uno de los Cuatro Héroes Cardinales, y tendrá que luchar contra las Olas de la Catástrofe junto a los héroes de la espada, la lanza y el arco. Emocionado ante la perspectiva de vivir una gran aventura, Naofumi parte de viaje con su grupo. No obstante, al cabo de unos pocos días lo traicionan y pierde su dinero, su dignidad y el respeto de los que le rodean.
El universo de Dies irae se basa en una historia alternativa a la que conocemos en la cual en 1945, la apunto de caer hegemonía nazi de Alemania da un último coletazo y varios militantes intentan realizar un peligroso ritual para revivir a “la Orden Longinus Dreizehn” pero nunca más se supo qué fue de ellos. Sin embargo, prometieron que algún día regresarían para acabar con el mundo. En el Japón de la actualidad, Fujii Ren, el protagonista, se recupera tras dos meses de hospitalización tras una pelea con su ex-mejor amigo, Shiro, quien lo traicionó, y ahora intenta recuperar la normalidad a su vida antes de que llegue la Navidad. Pero unas extrañas pesadillas que tiene sobre la Orden Longinus Dreizehn parecen estar relacionadas con el despertar de estos nazis desaparecidos que lo acabarán llevando a luchar en esta guerra por el fin del mundo.
La historia comienza cuando un chico de la aldea llamado Kautz comienza a trabajar en una peculiar tienda de armaduras que solo ofrece ciertos tipos de equipamiento para mujeres aventureras.
Un día aparecen unas misteriosas criaturas voladoras llamadas Zai y destrozan todas las fuerzas aéreas de la humanidad. Para enfrentarlas, la humanidad modifica unas naves ya existentes para crear soldados mecanizados especiales llamados "Daughters", y que pilotan unos mecanismos autónomos llamados "Anima" con aspecto de chicas humanas. Narutani Kei es un chico que aspira a recuperar los cielos y un día se encuentra con una nave roja y su piloto, una Anima llamada Gripen que es el as mejor guardado de la humanidad.
