Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Un otaku de los mechas ve cumplido su sueño al morir en un accidente y reencarnarse en otro mundo como Ernesti Echevarria, o simplemente Eru. Pues aunque comienza una nueva vida, sigue recordando su pasión y hará todo lo posible para poder pilotar un Silhouette Knight, un robot que existe en su nueva realidad.