Yuji es un estudiante de secundaria al que se la diagnosticado un virus incurable. Decide someterse a un prolongado sueño artificial con la esperanza de que la tecnología médica sea capaz de tratar su enfermedad en un futuro.
Año 2013: Yuji se despierta en su cámara de sueño. La Tierra está dominada por los "Blue", una raza de criaturas gigantes que son capaces de comer cualquier cosa, incluso a los humanos. La Humanidad ha sido exiliada al espacio y trata de recuperar su planeta con los avanzados "armour shrikes"; unos vehículos de combate humanoides capaces de destruir a los Blues.
Yuji está en medio de una guerra que no comprende, una lucha por la supervivencia de la raza humana en la que él jugará un papel muy importante.
Hei y Yin han estado huyendo después de traicionar al Sindicato en la temporada pasada. Después de dejar Japón, Hei se encuentra con Suou Pavlichenko, una niña Euroasiática de 13 años que se ha visto envuelta en la guerra y políticas de varias facciones y Contratistas que compiten por el poder. Mientras tanto en Tokio continúa de pie Hell?s Gate (La Puerta del Infierno), después de que Hei intentara detener la activación de el arma de partículas anti-Gate Anillo de Saturno. Aunque los Contratistas están fuera de peligro de que sus existencias sean eliminadas, esto no evita que antiguos y nuevos Contratistas abusen de su poder. Mientras que Misaki Kirihara y su equipo en el Buró Público de Seguridad lidian con los casos de Contratistas que aumentan, ella también tiene que mantener al Sindicato a distancia, ya que tienen altos puestos dentro de la policía Japonesa y en Oficinas de Inteligencia alrededor del mundo.
Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.
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