Un territorio inescrutable e inexplorado conocido como Hell's Gate (La Puerta del Infierno), hizo aparición de pronto en el pasado, privando a Tokyo de su cielo original. Como consecuencia, aparecieron también personas con habilidades especiales, los Dolls (Marionetas) y los Contratistas. Las Marionetas son mediums carentes de emoción, mientras que los Contratistas poseen ciertos poderes especiales, y parecen tener como principal finalidad la de matar. Las agencias de inteligencia de todo el mundo utilizan Contratistas para encubrir secretos relacionados con la Hell's Gate, y llevan a cabo violentas batallas por la posesión de información al respecto.
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
La serie gira en torno a una joven chica que lucha en los frentes de una guerra. Tiene el pelo rubio, ojos azules y una piel blanca, casi transparente, y es conocida por moverse como el viento en el campo de batalla. Ella es Tanya Degurechov y se encarga de dirigir al ejército. Solía ser una de las oficiales de élite en Japón, pero debido a la ira de un dios, renació como una niña pequeña. Tanya lo da todo por avanzar en su carrera militar y se convertirá en la hechicera más poderosa del ejército imperial.
En un futuro cercano, los humanos han sido derrotados por unos parásitos virales llamados Gastrea. Los sobrevivientes han sido exiliados en un pequeño territorio viviendo entre la desesperanza y el miedo.
Rentaro, un joven que vive cerca de Tokio, miembro de la “Seguridad Civil”, una organización especializada en la lucha contra los Gastrea, quien tiene particularmente a cargo el cumplir con tareas sumamente peligrosas. El junto a su pareja, la bella y joven Enju, son capaces de luchar contra estos parásitos gracias a sus peculiares poderes. Hasta que un día ambos reciben una peligrosa asignación especial del gobierno: evitar la completa destrucción de Tokio.
Hei y Yin han estado huyendo después de traicionar al Sindicato en la temporada pasada. Después de dejar Japón, Hei se encuentra con Suou Pavlichenko, una niña Euroasiática de 13 años que se ha visto envuelta en la guerra y políticas de varias facciones y Contratistas que compiten por el poder. Mientras tanto en Tokio continúa de pie Hell?s Gate (La Puerta del Infierno), después de que Hei intentara detener la activación de el arma de partículas anti-Gate Anillo de Saturno. Aunque los Contratistas están fuera de peligro de que sus existencias sean eliminadas, esto no evita que antiguos y nuevos Contratistas abusen de su poder. Mientras que Misaki Kirihara y su equipo en el Buró Público de Seguridad lidian con los casos de Contratistas que aumentan, ella también tiene que mantener al Sindicato a distancia, ya que tienen altos puestos dentro de la policía Japonesa y en Oficinas de Inteligencia alrededor del mundo.
Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo y abandona la organización siendo perseguido por esta. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la nanotecnología y creada artificialmente.
La mafía americana, una de las más poderosas del mundo ceden ante el temor de una organización llamada INFERNO, no por su poder económico ni tampoco por su influencia mundial, sino por sus creaciones,asesinos a sangre fría y con habilidades sobre-humanas. Agatsuma Reiji llega a America para encontrarse con un familiar y presencia un asesinato brutal donde él es el único testigo de ese hecho. Más tarde es capturado por una de las más hábiles asesinas de la organización INFERNO, Phantom. Poco después es llevado a los laboratorios de INFERNO y es víctima de un lavado de cerebro.Al despertar,no recuerda nada,sin embargo,se da cuenta que posee ciertas "habilidades"...
Estamos en el año 2015 CE, donde la Organización de Seguridad Chaldea se ha fundado para preservar la existencia de la historia humana. Observaban un mundo que la traumaturgia no podía controlar, y que la ciencia no podía medir por completo, para así evitar la extinción segura de la humanidad. Pero en el futuro visto por Chaldea, la humanidad se extingue sin remedio en 2017.
La causa parece estar en Fuyuki, un pequeño pueblo de Japón, y concretamente en el año 2004. Allí aparece una región no observable que no había existido jamás antes de aparecer. Chaldea supone que Fuyuki es la razón por la que la humanidad está condenada, así que envía a explorar, investigar y destruir el Santo Grial si es necesario a la Gran Order.
En la guerra, los hombres se convierten en bestias. La guerra hace a los dioses bestias. Y cuando la guerra acaba, los dioses… Los lobos caminan en el bosque de la desesperación, el páramo de la lamentación, el mar de la amargura, en el tiempo de la oscuridad y la luz, para matar a aquellos que una vez fueron sus amigos.
La historia está protagonizada por Testa, un joven profesor universitario que es un genio de los idiomas. Un superior suyo, el sargento Rossa, lo presenta al departamento de criptoanálisis de los aliados. Allí Testa recibirá instrucciones de descifrar el código de los hombres lobo enemigos, el cual utilizan para encriptar sus transmisiones. Testa queda impresionado cuando descubre que el único sonido que producen las comunicaciones encriptadas es un aullido de lobo. Cuando su investigación no da frutos, decide capturar vivo a un hombre lobo para ayudarle en su criptoanálisis. Cuando ya no le quedan opciones para ello, tiene suerte y encuentra a una mujer lobo, Yonaga.
La historia se desarrolla en un mundo el cual fue destruido y más tarde reconstruido utilizando mecanismos de relojería. Un día, fuera de la casa de un joven de instituto de nombre Naoto Miura, cae de repente una extraña caja, en cuyo interior se encuentra una chica autómata. Un interminable ciclo de fracaso y éxito. Un mundo variable y una humanidad invariable. Momentos en que la realidad y la fantasía gritan, ¡el encuentro entre ellos dos provocará que los engranajes del destino comiencen a moverse!