La película tiene lugar tras los hechos acontecidos en la segunda temporada animada. Kirito, Asuna y sus amigos empiezan a jugar a un nuevo juego conocido como OS (Ordinal Scale) que, a diferencia de los juegos anteriores, utiliza un sistema de realidad aumentada llamado Augma. En este juego, los jugadores se clasifican de acuerdo a sus rangos por lo que los jugadores con rangos inferiores tienen grandes desventajas. Sin embargo, Kirito y sus amigos descubren que algo va mal cuando se encuentran con monstruos de Aincrad.
La historia transcurrirá seis años después de los sucesos de Chaos;Head, con la cual tendrá relación. El 6 de noviembre de 2009 en Shibuya ocurrió un terrible terremoto de 7.8 grados en la escala de Richter. Las bajas mortales llegaron a la friolera de 3.851 muertos. En 2015, una nueva historia comienza en Shibuya.
En plena época de los samurái, los alienígenas (conocidos como Amanto) invadieron Japón y, pese a la resistencia de varios fieros guerreros Joui, consiguieron tomar el país, llevando a Edo hasta una etapa de esplendor medio futurista. En medio de todo esto está Gintoki, samurái que luchó en la guerra contra los Amanto, pero que ahora se dedica a hacer cualquier trabajo que se le encargue en la Yorozuya, su oficina de chico para todo.
Estamos en el año 2015 CE, donde la Organización de Seguridad Chaldea se ha fundado para preservar la existencia de la historia humana. Observaban un mundo que la traumaturgia no podía controlar, y que la ciencia no podía medir por completo, para así evitar la extinción segura de la humanidad. Pero en el futuro visto por Chaldea, la humanidad se extingue sin remedio en 2017.
La causa parece estar en Fuyuki, un pequeño pueblo de Japón, y concretamente en el año 2004. Allí aparece una región no observable que no había existido jamás antes de aparecer. Chaldea supone que Fuyuki es la razón por la que la humanidad está condenada, así que envía a explorar, investigar y destruir el Santo Grial si es necesario a la Gran Order.
Yuri Katsuki es un patinador artístico que, asumiendo las expectativas de todo Japón, experimentó una derrota aplastante en la final de Gran Prix. Con esto, él vuelve a su ciudad natal en Kyushu.
Medio queriendo continuar con el patinaje y medio queriendo retirarse, Yuri se ha refugiado en la casa de su familia. Es entonces cuando Víctor Nikiforov, el campeón mundial en cinco ocasiones, se le acerca de repente ...
Yuri Katsuki, un patinador japonés en el borde. Yuri Plisetsky, un joven patinador ruso que domina a sus competidores de alto nivel. Estos dos Yuris, junto con el actual campeón Víctor Nikiforov, ¡están a punto de entrar en un incomparable Gran Prix de patinaje artístico!
La historia gira en torno a Chise Hatori, una chica que ha vivido abandonada y ha sufrido abusos toda su vida, alejada de cualquier tipo de amor. Lejos de conocer la calidez de una familia, no ha hecho más que tener problemas y dificultadas. Pero justo cuando parece que ha perdido toda la esperanza, tiene un encuentro destinado.
Cuando un hombre con cabeza de bestia y poderes extraños la compra como esclava, la vida de Chise cambiará para siempre. Este hombre es un 'mago', un hechicero de gran poder que decide liberar a Chise de las ataduras del cautiverio con una condición: la chica se convertirá en su aprendiz... y en su esposa.
Un joven sin mucha autoestima llamado Haruyuki recibe de Kuroyukihime, una hermosa senpai, una aplicación para su NeuroLink llamada Brain Burst, que le permite, al ejecutarla, "acelerar"; sus procesos de pensamiento. Sin embargo, el Brain Burst es además un juego de peleas multiplayer, donde otros poseedores del programa luchan entre sí para obtener Burst Points, necesarios para poder acelerar.
En una Inglaterra victoriana imaginaria, Allen Walker es miembro de una misteriosa organización conectada con el Vaticano que intenta erradicar de la faz de la tierra a los Akuma, armas demoníacas capaces de apoderarse del cuerpo de una persona para sembrar el mal adondequiera que vayan.
La historia se desarrolla en Shizume, una ciudad muy avanzada tecnológicamente. Allí, Yashiro Isana, un muchacho que es simpático con todo el mundo, vive apaciblemente hasta que un importante miembro de la banda HOMRA es asesinado. El problema es que Yashiro se parece muchísimo al único sospechoso de este asesinato, por lo que deberá escapar de los seguidores de HOMRA que buscan venganza.
Shirayuki es una bella muchacha pelirroja, algo muy extraño en su país, que trabaja como curandera. Ante la insistencia del príncipe del país en desposarla, Shirayuki decide huir. Es entonces cuando conoce a Zen, el príncipe de un país vecino al suyo. A pesar de su juventud, Zen sabe cómo hacerse respetar por sus conciudadanos, lo que lleva a Shirayuki a convertirse en la médico de la corte.
La historia comienza cuando Kumiko Oumae, una chica que estaba en club de banda de
instrumentos de bronce en secundaria, visita su club esta vez como estudiante de primer año
de preparatoria. Las compañeras de Kumiko, Hazuki y Sapphire deciden unirse al club, pero
Kumiko ve a su antigua compañera Reina y comienza a dudar. Ella recuerda el incidente que
tuvo con Reina en su antiguo club de instrumentos de bronce.
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