Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric tratan de revivirla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia opera bajo la teoría del cambio equivalente y romper el tabú de la alquimia humana acarrea un alto precio. Ed pierde una de sus piernas y Al su cuerpo. Ed logra sellar el alma de Al dentro de una gran armadura, a costa de su brazo. Años después, Ed (ahora con dos extremidades mecánicas) y Al (aún atrapado en la armadura) dejan su casa de la niñez, cada uno preocupado por la felicidad del otro. Ed, quien tuvo un talento y habilidad natural para la alquimia, se convierte en un alquimista con certificado nacional y pronto es conocido en todas partes como el ?Alquimista Fullmetal?. El verdadero objetivo de ambos hermanos es buscar cualquier información sobre la legendaria Piedra Filosofal, con la esperanza de que ésta les permita recobrar sus cuerpos. Todas sus esperanzas descansan en la mítica piedra, que incluso puede no existir.
Ichigo Kurosaki es un estudiante de preparatoria ordinario, hasta que su familia es atacada por un Hollow, un espíritu que corrupto que busca devorar las almas humanas. Es entonces cuando conoce a una Soul Reaper llamada Rukia Kuchiki, que resulta herida mientras protege a la familia de Ichigo del agresor. Para salvar a su familia, Ichigo acepta la oferta de Rukia de tomar sus poderes y, como resultado, se convierte en un Soul Reaper.
Sin embargo, como Rukia no puede recuperar su propio poder, Ichigo se enfrenta a la abrumadora tarea de cazar a los Hollows que asola su ciudad. No obstante, no está solo en su lucha, ya que más tarde se le unen sus amigos: los compañeros de clase Orihime Inoue, Yasutora Sado y Uryuu Ishida, quienes tienen sus propias habilidades únicas. A medida que Ichigo y sus camaradas se acostumbran a sus nuevas responsabilidades y se apoyan unos a otros dentro y fuera del campo de batalla, el joven Soul Reaper pronto descubrirá que los Hollows son apenas el menor de sus problemas.
