Tras la impotencia de no poder salvar a Makise Kurisu en esta línea de universo Beta, las vidas de Okabe y el resto tienen que volver a la normalidad. Okabe asiste un día a un seminario y allí conoce al profesor Alexis Leskinen y a Maho Hiyajo, los cuales participaban en el mismo equipo que Kurisu en su investigación sobre Neurociencia en la Universidad Viktor Chondria. Así es como ambos le presentan su proyecto, el sistema “Amadeus” con el que persiguen poder digitalizar los recuerdos de los seres humanos y almacenarlos dentro de un ordenador. Es entonces cuando la vida de Okabe cambiará por completo al descubrir que dentro de Amadeus se encuentra guardada una réplica digital de la ya fallecida Makise Kurisu.
Durante el invierno, Yuichi fue hospitalizado debido de su hepatitis. A pesar de eso, intentó escaparse , pero fue pillado a tiempo por el personal del hospital. Un día, conoció a Rika, una chica de su edad, del edificio de al lado. Su belleza era enorme, pero casi tanto como su egoísmo. A pesar de que lo controlaba, empezó a sentirse atraído por ella. Sin embargo, cuando Rika le contó todo sobre su enfermedad, entendió porque había actuado de esa forma. Le quedaba poco tiempo de vida.
La joven Makoto no es la estudiante de secundaria promedio. Es una despreocupada que siempre llega tarde para todo, prefiere jugar baseball con sus compinches Chiaki y Kousuke para sorpresa de las chicas que observan nerviosamente desde los costados.
Un día cuando ella se encuentra investigando unos extraños sonidos en el laboratorio de ciencias de la escuela, es arrastrada en un viaje surrealista a lo Alicia en el País de la Maravillas y regresa de nuevo al presente con el poder de saltar en el tiempo hacia el pasado. Rápidamente Makoto se entusiasma y se va lanzando dentro y fuera de los eventos del día, reconfigurando las cosas a su antojo, aun cuando sus poderes sólo pueden ser activados corriendo a un ritmo furioso, no importando quién o qué se encuentre en el camino. Pero sus travesuras de salto temporal están comenzando a fracturar su amistad con Kousuke y Chiaki, y tomará muchos saltos temporales el enderezar las cosas.
La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.
Tras la impotencia de no poder salvar a Makise Kurisu en esta línea de universo Beta, las vidas de Okabe y el resto tienen que volver a la normalidad. Okabe asiste un día a un seminario y allí conoce al profesor Alexis Leskinen y a Maho Hiyajo, los cuales participaban en el mismo equipo que Kurisu en su investigación sobre Neurociencia en la Universidad Viktor Chondria. Así es como ambos le presentan su proyecto, el sistema “Amadeus” con el que persiguen poder digitalizar los recuerdos de los seres humanos y almacenarlos dentro de un ordenador. Es entonces cuando la vida de Okabe cambiará por completo al descubrir que dentro de Amadeus se encuentra guardada una réplica digital de la ya fallecida Makise Kurisu.
