Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Comúnmente conocido como el “Calabozo”, la ciudad de Orario posee bajo tierra un enorme
laberinto. Su extraño nombre provoca emoción, ilusiones de honor, y esperanzas de un
romance con una bella chica. En esta ciudad de sueños y deseos, el aventurero Bell Cranel
tiene su predestinado encuentro con la pequeña diosa Hestia.
Así comienza la historia de un chico dando todo para ser el mejor aventurero y de una
solitaria diosa buscando seguidores, ambos esperando lograr sus metas y tal vez, tener un
pequeño romance.
Se centra en una “habitación perdida” (Lost Room) en la que podemos encontrar aquello que se perdió (o a los que lo perdieron). Este lugar, que no pertenece a nadie, yace olvidado en un rincón de Chaldea.
En un continente gobernado por un caos que trae el desastre, los grandes señores tienen el poder del “Emblema”, un sello sagrado que puede apaciguar el caos y proteger a su pueblo. Sin embargo, antes de que nadie se de cuenta, los gobernantes abandonan su misión de purificar el caos para empezar a luchar entre ellos con el objetivo de hacerse con los demás Emblemas. Nuestra protagonista es Siluca, una maga que se burla de los gobernantes por abandonar su misión, y un caballero errante llamado Theo, que viaja para entrenarse y liberar de la tiranía a su pueblo. Siluca y Theo realizan un pacto por el que deben viajar juntos para reformar el continente.
La historia se centra alrededor de las llamadas "Auto Memory Dolls"; muñecas inicialmente creadas por un científico para asistir a su esposa ciega a escribir sus novelas y, luego, rentarlas a personas que necesitan de sus servicios. Mientras que la función inicial de las Auto Memory Dolls es solo generar las voces a texto, un segundo grupo de personas creó una compañía que renta hermosas y talentosas mujeres quienes, teniendo las mismas funciones que una Auto Memory Doll original, también pueden realizar tareas relacionadas con la milicia o el ejército.
Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/Stay Night, donde el Santo Grial fue alejado de ciudad Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas. Dos bandos se enfrentarán la “Facción Negra”, con miembros de Yggdramillennia y la “Facción Roja", con miembros de la Asociación de Magos y un miembro de la Iglesia.
Recca Hanabishi es un ninja, que está a punto de morir en un accidente, pero una chica llamada Yanagi cura sus heridas con sus poderes. Luego ambos son asaltados por una mujer que le exige a Hanabishi que le muestre su poder ninja. Cuando la misteriosa mujer ataca a Yanagi, Recca libera una enorme llamarada, la cual satisface los deseos de la mujer al comprobar que Recca es un ninja del clan Hokage del pasado, que lo envió al futuro para salvarle de la muerte. Ahora Recca es el líder del Clan Hokage, y debe debe enfrentarse con su hermano Kueri y rescatar a Yanagi.
Los ciudadanos del remoto continente de Yggd han creído siempre que no había nada más allá de su continente. El continente estaba dividido en varias regiones, cada una con su propio rey. Pese a las pequeñas escaramuzas entre ellos, un señor escogido entre todos los reyes por consenso, siempre mantenía el equilibrio de poder. Al menos hasta la llegada del malvado Ejército Negro.
"El negro lo engullirá todo".
El Ejército Voluntario, liderado por Yuri, no fue rival para el Ejército Negro. Durante la lucha, el Señor de Negro captura la mitad del Chain Chronicle, así como la capital. Durante su retirada, Yuri y el Ejército Voluntario encuentran a un joven luchando en solitario contra el Ejército Negro.