Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)
La historia de Strawberry Panic se centra en un mundo de mujeres, Astraea Hill. Aoi Nagisa ha sido trasladada a St. Miator's Girls' Academy, una escuela que comparte el campus y los dormitorios con otras dos academias: St. Spica's Girls' Institute y St. Lulim's Girls' School. Al llegar, se da cuenta de lo fascinante que es su nueva escuela y de inmediato se siente atraida por la seducción de la Etoile de Astraea Hill (Shizuma Hanazono). Conforme se desarrolla la historia, Nagisa descubre más sobre el colegio, sus compañeras y la triste historia que esconde Shizuma tras su amable y conquistadora sonrisa.
La historia de Shimoneta to Iu Gainen ga Sonzai Shinai Taikutsu na Sekai tiene lugar 16 años después de la promulgación de la “Ley de orden público y moral en la correcta educación de lo niños”, una norma que prohibió el lenguaje obsceno en el país.
Tanukichi Okuma es un joven que consigue ser aceptado en el instituto líder en cuestiones de moralidad. Sin embargo, poco después es invitado a la Organización Anti-Social por su fundadora, Ayame Kaj?. Chantajeado por Ayame, el pobre debe hacerle a la presidenta del consejo estudiantil todo tipo de bromas obscenas. El problema es que Tanukichi está secretamente enamorado de ella.
La historia se desarrolla en Tokyo, durante el año 2039, 10 años después que un virus llamado ?Lost Christmas? atacase Japón, que ahora se encuentra controlado por la organización de varias naciones llamado GHQ. Ohma Shu tiene 17 años y tiene poderes especiales, la Habilidad del Rey, con el que suele tomar armas y herramientas de sus amigos. Aunque ha estado evitando meterse en problemas, eso cambiará cuando conozca a una chica llamada Yuzuriha Inori,miembro de la resistencia.
