La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados.
El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.
Lo que no te mata te hace más fuerte, pero en el caso de Sung Jinwoo, lo que lo mató lo hizo más fuerte. Después de ser brutalmente asesinado por monstruos en una mazmorra de alto rango, Jinwoo regresó con el Sistema, un programa que solo él puede ver y que eleva su nivel en todos los sentidos. Ahora, está decidido a descubrir los secretos detrás de sus poderes y la mazmorra que los engendró.
Lo que debía ser el habitual camino de regreso a casa para Usato, acaba convirtiéndose en una aventura de proporciones épicas. Tras ser invocado a otro mundo por sorpresa junto a dos de sus compañeros, Usato descubre que él solo está allí por accidente. Todo cambia por completo cuando en el otro mundo descubren que Usato tiene una gran afinidad con la magia sanadora. Ahora tendrá que soportar un entrenamiento inhumano y usar sus habilidades sanadoras en sí mismo para obtener una fuerza y una resistencia incomparables.
En un mundo post-apocalíptico donde el mas fuerte sobrevive, existen 2 cintas legendarias para los mejores guerreros, la cinta numero 1 es para el mejor. El padre de Afro tenia la cinta numero 1 pero un día es derrotado por "Justicia" un pistolero que tenia la cinta numero 2 por lo tanto era el segundo mas fuerte, Afro muchos años después tiene la cinta numero 2 y busca venganza por su padre en compañía de Ninja Ninja. Aunque hay un tercero, un grupo de monjes muy misteriosos que al parecer buscan tener ambas cintas.
En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.
La historia se desarrolla en un mundo el cual fue destruido y más tarde reconstruido utilizando mecanismos de relojería. Un día, fuera de la casa de un joven de instituto de nombre Naoto Miura, cae de repente una extraña caja, en cuyo interior se encuentra una chica autómata. Un interminable ciclo de fracaso y éxito. Un mundo variable y una humanidad invariable. Momentos en que la realidad y la fantasía gritan, ¡el encuentro entre ellos dos provocará que los engranajes del destino comiencen a moverse!
