The Second Raid (TSR) es la secuela del primer Full Metal Panic y continúa la historia desde el final de la anterior. Basado en la novela de Full Metal Panic la versión anime entra en más detalles íntimos de Sousuke y Kaname, y por supuesto, de acción. La serie comienza dos meses después de los eventos ocurridos en el Tuatha de Danaan al final de la serie original (Full Metal Panic). Mithril toma conciencia de una organización secreta que tiene en sus manos tecnología capaz de contener el modo ECS (Electronic Cloaking System).

En Fumoffu veremos de nuevo las andanzas de Sōsuke y Chidori pero con un tono cómico más marcado. La historia se desarrolla sin los AS ya que toda la trama se encuentra fuera de los campos de batalla de Mithril. En su lugar la historia se desarrolla en la escuela y lugares aledaños, además de que observaremos a Sōsuke utilizando el disfraz del muñeco Bonta-kun, que es el apelativo común en Japón para los osos de peluche, con el que realizara varias aventuras y meterse en todo tipo de problemas con sus intentos fallidos para adaptarse a la vida común y corriente de Japón.

Estamos en otro día ordinario en la residencia Misato, cuando de pronto Mahoro encuentra otra revista pornográfica en la habitación de Suguru. Esto hace que ella y Minawa hagan un pacto con Chizuko, Rin, Miyuki y Miss Shikijo para confiscar todo lo que sea pervertido de la casa. Ante esta situación, Suguru, Kiyomi y Toshiya harán todo lo que esté en su mano para proteger sus tesoros de las chicas.

La historia continúa desde donde se quedó en la primera temporada. Mahoro vuelve a una apacible vida otra vez como sirvienta en la casa de Suguru después de acabar su lucha con Ryuga. Ryuga, por otra parte, comienza a pensar "Quiero vivir como un hombre normal" y continúa como profesor de ciencias, a pesar de que Slash todavia no puede confiar del todo en el.

La historia comienza cuando Mithril, una organización de mercenarios que existe para mantener la paz mundial, se entera que una estudiante japonesa de nombre Kaname Chidori es el próximo blanco de la KGB (una de tantas organizaciones terroristas que la quieren capturar), ya que la han identificado como una posible "whispered". Entonces mandan un escudaron para protegerla, siendo el más competente Sagara Sousuke. Es entonces cuando la historia se torna cómica cuando el joven soldado Sagara interactúa con gente civil y normal, claro sin olvidarse de la trama y los enfrentamientos que suceden entre Mithril y sus misteriosos enemigos.

Suguru, un despreocupado niño de 14 años es huérfano y vive solo en una mansión, por lo tanto su casa es un lo más parecido a un estercolero, por eso mismo decide contratar una asistenta para volver a vivir en en una pulcritd decente, ella será Mahoro, un antiguo androide de combate de Vesper, que por voluntad propia se hizo criada, ya que la propia empresa que le creo decidió darle voluntad a hacer lo que quiera porque tras 12 años de existencia si continuaba luchando tendría 50 días de vida, mientras que si se dedicaba a otra cosa tendría aproximadamente 1 año de vida. Junto a los amigos de Suguru, su profesora, Mahoro, Slash (guardian protector de Mahoro) tendrán peripecias de lo mas insólitas, hasta que aparezca un miembro de Saint buscando venganza...

Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)

A Hinako Sakuragi le cuesta mucho hablar con otras personas. Para poder superar su extrema timidez, Hinako decide marcharse de su casa en un pueblo de interior para ir a estudiar a la preparatoria que cuenta con el club de teatro que tanto admira, con lo que vivirá en la residencia Hitotose-sou. Allí conocerá a Kuina, quien adora los libros y comer, a Mayuki, un poco mayor aunque no lo parezca y que adora cocina, y a la sexy casera Chiaki-san. Una tierna comedia sobre la vida diaria de una chica que tiene que vencer la timidez.