La historia de Escha consiste en un encantador cuento acerca de las aventuras cotidianas de una alquimista muy conocida por los fans de la serie Atelier, mientras que la historia de Logy supone una aproximación al juego desde una vertiente más oscura plena de elementos RPG tradicionales y centrada en la exploración del mundo.
Mato Kuroi una alegre y activa chica llega a su primer día de instituto, y una joven le llama la atención, se trata de Yomi Takanashi una chica madura que va a su misma clase. Ambas entablan amistad, una amistad que se irá fortaleciendo a traves del tiempo. Tras su llegada a segundo año de instituto son separadas y empiezan a distanciarse. Mientras tanto en algun lugar dos chicas se enfrentan entre ellas, una llevando una enorme arma de fuego de alto calibre (Black Rock Shooter) y la otra llevando una guadaña negra (Dead Master), ambas guardan un parecido considerable con las jovenes Yomi y Mato.
Toda su vida Chihaya ha soñado con ver a su hermana mayor convertirse en la modelo Nº1 de Japón... Eso hasta que un estudiante nuevo llamado Arata le explica que un sueño es aquel en el cual uno mismo trabaja. Esta afirmación cambia el pensamiento de Chihaya y gracias a el descubre su verdadero sueño y pasion, el "Hyakunin Isshu" un juego de cartas tradicional de Japon, ella descubre que tienen un talento innato para este juego y ahora su sueñor sera ser la mejor jugadora del mundo.
La comedia romántica da comienzo cuando la estudiante de instituto Sakura Chiyo confiesa sus sentimientos a Nozaki, un compañero de clase.
Debido a un malentendido, Nozaki piensa que Sakura es simplemente una fan de su trabajo como autor de manga shojo.
Sakura tendrá que lidiar con sus verdaderos sentimientos mientras su relación con Nozaki va evolucionando.