La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami
Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista
internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma
de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les
agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes.
Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿se
quedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán ir
al hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la Academia
Mihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.
Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO.
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Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendra que hacer equipo.
Keita Suminoe, estudiante de secundaria cercano a realizar examenes para la preparatoria, convive con sus hermanastras mayores Ako y Riko, que son gemelas de personalidades muy distintas, pero ambas arden en deseos y emociones por el, tanto asi que lo acosan constantemente y son capaces de "cualquier cosa" por su atencion, pero siempre lo cuidan y desean lo mejor para el. Keita vive un conflicto en su interior, no siendo inmune a los constantes acosos, se debate entre su deseo carnal por sus sensuales hermanastras y el lazo familiar (sin lazos sanguineos) creado por años de convivencia, una disputa por el amor de un joven, un trio amoroso, desplegado con humor y muchas situaciones picantes, Keita se prepara para pasar sus examenes y asi poder asistir a la misma preparatoria que sus adoradas hermanastras.
La historia nos lleva a través de las aventuras de Tatsumi, un joven boxeador que viajó a la capital imperial para unirse al ejército.
Sin embargo, descubre que la ciudad está dañada por el ansia de poder de los funcionarios, que se aprovechan de la falta de experiencia del emperador para gobernar a su antojo. Después de tener cierto encuentro, Tatsumi se encuentra involucrado dentro de un grupo de asesinos en la sombra llamados "Night Raid", luchando contra la tiranía de la Ciudad Imperial...
La historia está protagonizada por Issei Hyoudou, un muchacho de segundo año de instituto bastante salido al que una chica asesina en la primera cita de su vida. Issei se reencarna como demonio, y desde ese mismo día trabaja como sirviente de Riasu, una chica demonio de altísimo nivel que resulta ser la más guapa y popular de todo el instituto.
Kazuma Satou es un chico de preparatoria otaku y hikikomori que no suele salir de casa, pero cuando lo hace, un fatídico (y ridículo) accidente acaba con su vida. En el otro mundo aparece una diosa ante él y le propone comenzar de nuevo su vida en un mundo de magia y espada, pero las condiciones son un tanto peculiares, así que acabará comenzando de cero como aventurero y acompañado de una diosa. Todo va bien hasta que un día Yunyun aparece y dice a Megumin algo inesperado: tiene una carta de su padre en la que parece que está a punto de morir, así que todo el grupo parte al pueblo de los demonios Carmesí a ver qué ha ocurrido... ¡y la vida de Kazuma jamás volverá a ser (de nuevo) la misma!