Película de la franquicia que cuenta con un guión original.
La historia es una secuela de la serie de televisión.
Tiempo después del torneo 63 de sensha-dou el ministerio japonés de educación desigue proseguir con el cierre de la preparatoria de chicas Ooari a pesar de su reciente triunfo en el campeonato. Para mantener la escuela abierta, Miho y su equipo deben ganar un encuentro contra una u equipo sensha-dou de una universidad. Para esta difícil batalla, Miho y las demás cuentan con la ayuda de sus amigas de otras escuelas a las cuales enfrentaron anteriormente así como sus nuevas amigas de la academia Chihatan y la preparatoria Keizoku. Juntas unirán fuerzas para salvar a Ooari.
Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Endo Satoru (Mamorou) es un nuevo estudiante que se incorpora a la secundaria Raimon con el equipo mas debil de la región, por lo que debera esforzarse para convertirlo en el equipo numero uno. Para ello busca la ayuda de Shuya Goenji, un famoso delantero reconocido por su tiro "Tornado de Fuego". conforme la serie avanza el equipo sera conformado por nuevos y mas fuertes miembros ademas de rivales mas fuertes.
En la Francia del siglo XV, durante la Guerra de los Cien Años contra Inglaterra, Montmorency, el hijo de un noble, se sumerge en el estudio de la magia y la alquimia en una escuela para caballeros. Sin embargo, tras la derrota de Francia en Agincourt, la escuela cierra y el joven se ve obligado a escapar. En su huida conoce a una chica llamada Jeanne, que vive en una aldea y tiene un aura milagrosa.
La película cuenta la continuación de la historia alternativa del viaje de Ash iniciada en I Choose You! (Kimi ni Kimeta!), siendo su secuela, y es protagonizada por Lugia y Zeraora.
Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.