Honda Toru es una estudiante que después de la muerte de su madre decide vivir sola en una tienda de campaña en el bosque, propiedad de la familia Soma. Una noche es encontrada por Yuki Soma, el "príncipe" de su escuela, este y su primo Shigure le piden que viva con ellos. Dentro de la casa conoce a Kyo, otro integrante de la familia Soma y la terrible maldición que pesa sobre ellos que consiste que al ser abrazados por el sexo opuesto se transforman en animales del zodiaco chino (a excepción de Kyo que es el gato).

La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.

Yukino Miyazawa es una chica y estudiante modelo. Al menos fuera de casa. Es primera en cuanto a notas, es la mejor en todo, la más amable y la más educada...y todo ello la hace parecer un genio de manera natural. Lo que nadie sabe es que detrás de todo ese éxito hay noches sin dormir debido a un estudio y esfuerzos continuos, y muchas máscaras para mantener las formas de "buena niña". Su lado vanidoso por conseguir la atención y admiración de todo el mundo y sus enfados y rabietas están muy bien escondidas dentro de las paredes de su casa, con su familia. Pero un día, aparece otro estudiante ejemplar, Soichiro Arima, que pondrá su mundo patas arriba, ya que éste descubre su verdadero "yo"...Ahí es cuando empieza una relación de odio y competencia con él, que acabará en amor, lo que la hará cambiar y la ayudará a mostrar al mundo su verdadero aspecto sin mascaras ni falsedad.

La protagonista es Utena Tenjou: una joven princesa que de pequeña, tras la muerte de su padre y de su madre, conoció a un príncipe que le entregó un anillo y le prometió que gracias a él un día se reencontrarían. Utena quedó tan impresionada por aquel encuentro que de mayor quiso convertirse también en príncipe.

A Hinako Sakuragi le cuesta mucho hablar con otras personas. Para poder superar su extrema timidez, Hinako decide marcharse de su casa en un pueblo de interior para ir a estudiar a la preparatoria que cuenta con el club de teatro que tanto admira, con lo que vivirá en la residencia Hitotose-sou. Allí conocerá a Kuina, quien adora los libros y comer, a Mayuki, un poco mayor aunque no lo parezca y que adora cocina, y a la sexy casera Chiaki-san. Una tierna comedia sobre la vida diaria de una chica que tiene que vencer la timidez.