Esta historia se desarrolla a inicios de la Tercera Guerra Mundial, en una pacífica ciudad de Japón en la isla Hokkaido, y cercana a la capital, Sapporo. La historia muestra la vida de dos estudiantes del tercer año de una preparatoria en Hokkaido, Shuji y Chise. Chise es una chica tranquila, tímida y algo torpe, que declara su amor a Shuji, un típico estudiante con grandes rasgos atléticos para su edad, el cual no es muy bueno manejando este tipo de relaciones. Al principio existen dificultades para sobresalir como pareja, ya que ambos no saben expresar muy claramente sus sentimientos

Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)