Makino Tsukushi es una estudiante pobre en el Eitoku Gakuen, un colegio de estudiantes ridículamente millonarios y privilegiados que están liderados por las "4 Flores", el F4. Un grupo de 4 chicos que provienen de las familias más poderosas de Japón: Domyoji Tsukasa, el líder y heredero de "Domyoji World Finance Group"; Hanazawa Rui, el introvertido heredero de una gran compañía; Nishikado Sojiro, un mujeriego heredero de un imperio de té ceremonial y Mimasaka Akira, el hijo de un famoso clan Yakuza venido a más. Si un estudiante, por cualquier motivo, se pone en el punto de mira del F4, recibe una tarjeta roja, que indica la aprobación para que todo el colegio le acose.

Treinta y cinco años después de la batalla contra la Flota Principal de Boldoza (1era saga de macross), la nueva flota Macross 7 emprende un viaje para adentrarse en la galaxia. Los supervivientes de la Tierra llevan a cabo un plan para asegurar su supervivencia, la cual consiste en la migracion y colonización de otros planetas, tratando de extender a la humanidad por toda la galaxia (Flota del Macross 7). Mientras tanto, la colonización de planetas cercanos (como la flota Macross Plus's Eden) contrarrestarían la explosión demográfica y la escasez de recursos. La historia se centra 7 años mas tarde desde q el Capitán Maximillian Jenius dirigió la flota de emigración de la Tierra. En la Ciudad 7, la principal concentración de población de la nave insignia de la Macross 7, la banda de rock Fire Bomber se prepara para su primer concierto en directo. De todas maneras, algo no va bien..

Rikako Muto es una estudiante de Tokio que acaba de ser trasladada a uno de los institutos de Kochi, una ciudad costera alejada de la capital. Es guapa, inteligente, buena en los estudios y en los deportes. Pero, sin saber por qué, no consigue adaptarse a la vida social de la escuela. Al mismo instituto acuden Taku Morisaki y Yutaka Matsuno, dos grandes amigos con un fuerte lazo de amistad, el primero de los cuales empieze a fijarse visiblemente en la joven recién llegada.

Hinako Nakayama es una chica huérfana que un día se reúne con su hermano gemelo, Hikaru, quien le pide que ella lo sustituya en la Academia Shishiku haciéndose pasar por él. Hikaru es hijo de una poderosa familia de Yakuza, los Onigashima, y como tal, se espera que sea un hombre duro y se convierta en el líder de los beligerantes alumnos de la Academia Shishiku. Hinako tendrá que ocultar su verdadera identidad, fingir ser su hermano y pelear para llegar a lo más alto de la pirámide de poder de la Academia.