La historia da comienzo cuando Yggdrasil, un popular juego online, es cerrado un día sin previo aviso. Sin embargo, el protagonista, Momonga, decide no salir del juego. Momonga así se transforma y se convierte en “el mago más poderoso”. El mundo sigue cambiando con él dentro, y los NPCs comienzan a sentir emociones. Sin familia, amigos ni lugar en la sociedad, Momonga tendrá que luchar por adaptarse al nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.

El mundo estuvo cerca de ser destruido por Desesperación Definitiva, quien causó "los más grandes, los más terroríficos, los más trágicos eventos en la historia humana."Para salvar a este mundo de los eventos de caes, la Fundación Futuro fue creada. Aunque la organización continua sus actividades para restaurar el mundo, Makoto Naegi bajo sospecha de traición debido a que protege a un sobreviviente de la Desesperación. Los miembros de la Fundación Futuro se reúnen para decidir su castigo, pero todos ellos terminan atrapados dentro del lugar donde se encontraron con Monokuma, quien demanda el inicio del "Asesinato Final." Ellos tienen extraños brazaletes en sus muñecas, y les dan tranquilizantes cuando un cierto tiempo llega. Para empeorarlo, aparentemente hay un traidor real dentro de ellos, que vino a matar a los miembros de la Fundación Futuro. En este juego donde las pruebas de clase no existen, la única forma de encargarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi es forzado a enfrentar el juego a muerte definitivo, donde es matar o ser matado. Una historia de desesperación donde la esperanza asesina la esperanza inicia.

La Academia Pico de Esperanza es una escuela especial, reconocida por el gobierno, fue establecida para reunir a los estudiantes élites en excelencia en distintos campos. Esta escuela tiene dos cursos: El curso principal, y el curso de preparatoria. Cualquiera con dinero puede entrar al curso de preparatoria, incluso si no tienen habilidades especiales. La clase 77 del curso principal está lleno de estudiantes que no solo tienen habilidades únicas, si no también personalidades únicas. Sin embargo, los estudiantes aprenden que "El talento no es lo más importante en la vida; si no involucrarse con gente y hacerte mejor persona haciendo recuerdos". Pero, aunque saben que es un misterioso proyecto, la discriminación de los cursos suceden bajo sus narices. Hajime Hinata, es un chico de preparatoria que ansía una habilidad. Una reunión predestinada conduce el futuro de la escuela a una dirección inimaginable. Esta es la historia de lo sucedido durante " La más grande, la más terrorífica, y más trágicos eventos en la historia humana." Esta es una historia que termina en desesperación.

El mundo estuvo cerca de ser destruido por Desesperación Definitiva, quien causó "los más grandes, los más terroríficos, los más trágicos eventos en la historia humana."Para salvar a este mundo de los eventos de caes, la Fundación Futuro fue creada. Aunque la organización continua sus actividades para restaurar el mundo, Makoto Naegi bajo sospecha de traición debido a que protege a un sobreviviente de la Desesperación. Los miembros de la Fundación Futuro se reúnen para decidir su castigo, pero todos ellos terminan atrapados dentro del lugar donde se encontraron con Monokuma, quien demanda el inicio del "Asesinato Final." Ellos tienen extraños brazaletes en sus muñecas, y les dan tranquilizantes cuando un cierto tiempo llega. Para empeorarlo, aparentemente hay un traidor real dentro de ellos, que vino a matar a los miembros de la Fundación Futuro. En este juego donde las pruebas de clase no existen, la única forma de encargarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi es forzado a enfrentar el juego a muerte definitivo, donde es matar o ser matado. Una historia de desesperación donde la esperanza asesina la esperanza inicia.

La Academia Pico de Esperanza es una escuela especial, reconocida por el gobierno, fue establecida para reunir a los estudiantes élites en excelencia en distintos campos. Esta escuela tiene dos cursos: El curso principal, y el curso de preparatoria. Cualquiera con dinero puede entrar al curso de preparatoria, incluso si no tienen habilidades especiales. La clase 77 del curso principal está lleno de estudiantes que no solo tienen habilidades únicas, si no también personalidades únicas. Sin embargo, los estudiantes aprenden que "El talento no es lo más importante en la vida; si no involucrarse con gente y hacerte mejor persona haciendo recuerdos". Pero, aunque saben que es un misterioso proyecto, la discriminación de los cursos suceden bajo sus narices. Hajime Hinata, es un chico de preparatoria que ansía una habilidad. Una reunión predestinada conduce el futuro de la escuela a una dirección inimaginable. Esta es la historia de lo sucedido durante " La más grande, la más terrorífica, y más trágicos eventos en la historia humana." Esta es una historia que termina en desesperación.

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

En Ikebukuro, un distrito de Tokio. Los Punks adolescentes se unen en la lucha de uno contra el otro. Los gángsteres tienen miedo de una leyenda urbana llamada "Dullahan", un jinete sin cabeza, que monta una motocicleta negra sin luces delanteras o sonidos de motor. Ryuugamine Mikado es un muchacho de instituto normal que busca a seres peculiares. Cuando él se trasfiere a Ikebukuro otra escuela en la ciudad, un loco se pelean por la cabeza de omisión(de acción de echar de menos) de Dullahan estalla.

Miyako es una tímida joven universitaria que además es una otaku. Su vida cambia por completo (o eso cree ella) cuando conoce a un grupo de angelicales colegialas de primaria, y es que cuando Miyako ve por primera vez a Hana, la amiguita de su hermanita, ¡su corazón se acelera! Miyako intentará ser amiga de las preciosas niñas, pero no le resultará fácil... ¡Una comedia sobre cómo intentar forjar amistad con unas niñas de primaria!

En esta obra, un enorme sistema de cuevas llamado el “Abismo” es el único lugar inexplorado del mundo. Extrañas y poderosas criaturas residen en sus profundidades, junto a preciadas reliquias que los humanos son incapaces de producir. Los misterios del Abismo fascinan a los humanos y estos bajan a sus profundidades. Los aventureros que se adentran en él son conocidos como “Cave Raiders”. Una joven huérfana llamada Rico vive en el pueblo Osu en el filo del Abismo. Su sueño es convertirse en una “Cave Raider”, como su madre, y solventar los misterios del sistema de cuevas. Un día, Rico comienza a explorar las cuevas y descubre un robot con aspecto de un chico humano.

Tras la impotencia de no poder salvar a Makise Kurisu en esta línea de universo Beta, las vidas de Okabe y el resto tienen que volver a la normalidad. Okabe asiste un día a un seminario y allí conoce al profesor Alexis Leskinen y a Maho Hiyajo, los cuales participaban en el mismo equipo que Kurisu en su investigación sobre Neurociencia en la Universidad Viktor Chondria. Así es como ambos le presentan su proyecto, el sistema “Amadeus” con el que persiguen poder digitalizar los recuerdos de los seres humanos y almacenarlos dentro de un ordenador. Es entonces cuando la vida de Okabe cambiará por completo al descubrir que dentro de Amadeus se encuentra guardada una réplica digital de la ya fallecida Makise Kurisu.