La historia está protagonizada por Sora y Shiro, hermano y hermana, que son muy famosos en todo Internet como NEETs y hikikomoris que se pasan el día jugando a videojuegos, tanto que son una leyenda. Los dos consideran el mundo real como “un juego malo”. Un día, un chico llamado “Dios” les invoca a otro mundo. Allí, Dios ha prohibido las guerras y declara que en el mundo todo se decidirá mediante juegos, incluso cuáles serán las fronteras entre países. La humanidad se ha visto reducida a una sola ciudad debido a que el resto de razas le han ido quitando todo el territorio. Shiro y Sora tendrán que ser los salvadores de la humanidad en este mundo alternativo.
Todo el mundo tiene una parte de sí mismos que no puede mostrar a los demás.
En una era en la que las naciones de todo el mundo se encuentran involucradas en una feroz guerra de información a puerta cerrada, Ostania y Westalis llevan décadas en guerra fría.
La División de Inteligencia de Westalis (WISE) envía a su mejor espía, "Twilight", en una misión ultrasecreta para vigilar los movimientos de Donovan Desmond, quien dirige el Partido Nacional por la Unidad de Ostania, responsable de bombardear los esfuerzos de paz entre ambos países.
La misión tiene por nombre "Operación Strix".
La idea es "crear una familia en una semana para infiltrarse en las reuniones sociales organizadas por la escuela de élite a la que asiste el hijo de Desmond".
Twilight adopta la identidad del psiquiatra Loid Forger y comienza a buscar miembros para su familia, pero Anya, la hija que adopta, resulta tener la capacidad para leer las mentes a los demás, mientras que su esposa, Yor, es una asesina. Todos mantendrán estos en secreto, pero comenzarán una vida juntos en la que deberán ocultarse sus identidades unos a otros.
La paz del mundo está ahora en manos de esta nueva familia mientras se embarcan en una aventura repleta de sorpresas.
Meimi Haneoka, de 14 años, es una chica normal durante el día, pero en la noche se convierte en la ladrona Saint Tail, quién le roba a los ladrones y les devuelve los objetos a sus verdaderos dueños. Meimi tiene la ayuda de su amiga, Seira Mimori, una hermana religiosa en entrenamiento, sin embargo, Saint Tail tiene a su compañero y futuro detective Daiki Asuka (llamado también "Asuka Jr.", hijo de un famoso detective), persiguiéndola insistentemente.
La historia gira alrededor de dos muchachas, Nagisa Misumi y Honoka Yukishiro, que luchan contra La Zona Dotsuku - una dimensión malvada que usurpó en el Jardín de la Luz. Las acciones de La Zona Dotsuku hicieron necesaria la fuga de dos guardianes del Jardín de la Luz, unas criaturas llamadas Mipple y Mepple. Ellos sirven como fuente de información para la serie, y generalmente se encuentran dentro de los dispositivos de transformación de las chicas, que son parecidos a teléfonos móviles. Durante cortos períodos de tiempo pueden transformarse en sus verdaderos cuerpos e interactuar con los demás. Inicialmente los tienen Cure White y Cure Black mientras buscan las Piedras Prisma, que colocan en un dispositivo conocido como Corazón de Prismas. El Corazón de Prismas es protegido por el Guardián, Wisdom. Una vez descubren todas las Piedras Prisma, su poder las lleva al Jardín de la Luz y repara la mayor parte del daño hecho por La Zona Dotsuku.
Una historia épica de piratas, donde narra la historia de "Monkey D. Luffy" quien cuado tenia 7 años, comió accidentalmente una "Akuma no mi"(Futa del diablo) la cual le dio poderes de goma. Por otra parte "Gol D. Roger" conocido como "El rey de los Piratas" quien fuera ejecutado por la Marine, habló antes de morir, acerca de su famoso tesoro "One Piece" escondido en la "Gran line". Esta noticia desato la gran era de la piratas lanzando a incontables piratas a ese lugar, en busca de "One Piece" el tesoro perdido. Diez años después, Luffy inspirado en "Gol D. Roger" y un pirata de nombre Akagami no Shanks (Shanks el pelirrojo) se convierte en pirata deseando ser el próximo "Rey de los Piratas" y zarpar para conocer amigos y tener aventuras con ellos, teniendo como meta encontrar el "One Piece".
El reino de las Cartas es atacado por el grupo Egocéntrico (o Selfish). Su rey, el King Jikochu hace que la gente se convierta en monstruos para destruir la ciudad, pero una pretty cure, Cure Sword, hará todo lo posible para defender su reino, lo cual no puede, entonces decide huir a la ciudad de Clover, pero sus enemigos la persiguen y cuando Sword está a punto de ser derrotada, aparece Cure Heart para salvarla a ella. Ahora, Cure Sword, con la ayuda de otras tres pretty cure: Heart, Diamond y Rosetta tendrán que vencer al Rey Jikochu, buscar a la princesa de dicho reino y volver a restaurar el Reino de las Cartas.
Saki Hyuuga y Mai Misho son adolescentes normales hasta que, se presentan delante de ellas, Flappy y Choppy, seres de La aldea de los manantiales, que les dan el poder para transformarse en Cure Bloom y Cure Egret y también se hacen amigas. Los malvados del Hueco de la oscuridad, buscan el último de los manantiales de La Aldea de los Manantiales, es decir, El manantial del Sol, el cual alimenta al Arbol Mundial; la fuente de vida de todos los mundos. Las Pretty Cure deben protegerlo por el bien del mundo.
