La historia se centra en un chico de secundaria , Yakumo Saitou que nació con ojos de distintos colores. Su ojo izquierdo rojo tiene la habilidad de ver espíritus y fantasmas. así con la ayuda de Haruka Ozawa empiezan la investigación de las distintas causas de los espíritus todavía vinculados con la tierra.
En un oscuro y frío mundo de tinieblas, un mundo de calma infinita, duermen los Shinmas. Las débiles almas de los humanos los atraen, y desorientados, abandonan su sueño en las penumbras para vagar por el mundo mortal. Miyu como último miembro y princesa del Clan de los Vampiros, ejerce como guardiana, custodiando las Tinieblas y cazando a todo aquel que se atreva a cruzar el umbral para escapar del mundo de los Shinmas.
En un futuro en el que todo entretenimiento multimedia está prohibido por "contaminar" la mente de la gente, un grupo de chicas tomará el nombre de un grupo de idols del siglo XXI para así dedicarse a cantar por todo el universo como el grupo de idols / mercenarias ilegales AKB0048.
Meimi Haneoka, de 14 años, es una chica normal durante el día, pero en la noche se convierte en la ladrona Saint Tail, quién le roba a los ladrones y les devuelve los objetos a sus verdaderos dueños. Meimi tiene la ayuda de su amiga, Seira Mimori, una hermana religiosa en entrenamiento, sin embargo, Saint Tail tiene a su compañero y futuro detective Daiki Asuka (llamado también "Asuka Jr.", hijo de un famoso detective), persiguiéndola insistentemente.
Yuuichi Aizawa se va a vivir a la casa de su prima Nayuki, en un diferente pueblo, aunque el solía pasar las vacaciones en este pueblo, el no había vuelto desde hace 7 años y además por alguna razón el casi no guarda ningún recuerdo de lo que paso cuando solía venir a visitar el pueblo, pero a medida que va conociendo a diferentes chicas, que al parecer el nunca había visto, va recordando poco a poco importantes fragmentos de su pasado que lo llevaran a descubrir lo que le paso en este pueblo hace siete años y la razón por la que no recuerda nada acerca de esto.
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