Gon Frecks,un niño de 12 años,vive con su tia Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, el es quien le dice que su padre Gin esta vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.

En un futuro lejano los humanos han abandonado la destruida tierra para mudarse al mundo superior de Tenjo, pero este lugar y la ley de causa y efecto colapsan por lo que obliga a los hombres volver a la tierra que ahora se encuentra inhabitable excepto por el área de Shinshu, donde no caben todos los humanos. Por eso crean Juso Sekai, un duplicado del área en un mundo paralelo. Para poder reconstruir Tenjo, los humanos comienzan la reproducción de la historia desde el 10,000 A.C. Cuando la reproducción llega al 1413 D.C. una guerra comienza en Shinshu y Juso Sekai cae en el mundo original. Los humanos viviendo en Juso Sekai pierden sus tierras e invaden el mundo original. La gente en Shinshu se rinde y la tierra es dividida por invasores de Juso Sekai. Ellos luego tratan de completar la reproducción histórica desde el 1457 D.C. pero la actualización de la historia termina en el 1648 D.C. Un rumor del apocalipsis comienza a expandirse por el mundo.

Melvin Penal, cumpliendo su condena en la cárcel de la ciudad central de robo, escapa de la cárcel, y viaja hacia el oeste. Ed y Al se dedican a perseguirlo a la ciudad de Milos, donde se encuentran a una misteriosa niña Julia Criton, miembro de una organización llamada "Murciélago Negro".

La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...

Akiyuki Takehara vive en una pequeña isla que se mantiene al margen de la guerra entre el Gobierno del Norte y el Continente del Sur. Éste vive con su madre, Fusa, divorciada recientemente del padre de Akiyuki, el Dr. Ryuzo, aunque padre e hijo aún se llevan bien. La historia comienza un día normal en el que Akiyuki intenta escaquearse de llevarle el mega-almuerzo a su padre antes de coger el autobús para irse al instituto. Una extraña explosión en la que se verán envueltos Akiyuki y sus amigos, Haru y Furuichi, cambiará sus vidas. Unas esferas brillantes han entrado en el brazo de Akiyuki produciéndole un gran dolor, aún dolido corre al auxilio de una chica con el pelo claro que se encuentra dentro del autobús calcinado, ella le otorgará el poder de convertirse en una criatura llamada Xam’d .

Sakai Yuuji, estudiante de secundaria del instituto Misaki, quien llevaba una vida normal, se ve en serios aprietos cuando se ve atrapado en una batalla contra un "Guze no Tomogara", seres devoradores de almas, sin embargo es salvado dramáticamente por una "Neblina de Llama" llamada "La cazadora de ojos y pelo ardientes" que le cambia por completo su vida cuando el chico se entera que ya había muerto? su "yo" ya había sido devorado, que él era una "antorcha", los restos de su alma, y que iba a desaparecer sin dejar rastro. En ese momento entabla una complicada relación con aquella chica a quien él osadamente llamó Shana. Ella se ve obligada a proteger al chico cuando se enteran que éste es un "Mistes", una "antorcha" única que encierra un tesoro en su interior, de ahí comienza una difícil batalla contra los "Guze no Tomogara" por proteger el tesoro que carga Yuuji y la ciudad en la que todos viven de una devastación casi inminente, mientras tanto Shana no sabe como arreglárselas para encajar en la vida del estudiante de secundaria...