La historia comienza cuando Mithril, una organización de mercenarios que existe para mantener la paz mundial, se entera que una estudiante japonesa de nombre Kaname Chidori es el próximo blanco de la KGB (una de tantas organizaciones terroristas que la quieren capturar), ya que la han identificado como una posible "whispered". Entonces mandan un escudaron para protegerla, siendo el más competente Sagara Sousuke. Es entonces cuando la historia se torna cómica cuando el joven soldado Sagara interactúa con gente civil y normal, claro sin olvidarse de la trama y los enfrentamientos que suceden entre Mithril y sus misteriosos enemigos.

The Second Raid (TSR) es la secuela del primer Full Metal Panic y continúa la historia desde el final de la anterior. Basado en la novela de Full Metal Panic la versión anime entra en más detalles íntimos de Sousuke y Kaname, y por supuesto, de acción. La serie comienza dos meses después de los eventos ocurridos en el Tuatha de Danaan al final de la serie original (Full Metal Panic). Mithril toma conciencia de una organización secreta que tiene en sus manos tecnología capaz de contener el modo ECS (Electronic Cloaking System).

Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.

La historia trata sobre el "delincuente juvenil más fuerte", Oga Tatsumi, quien está en el primer año de la Escuela Ishiyama, la escuela para delincuentes. Pero un día mientras dormía cerca a un río, mira a un hombre flotar en el río, quien de repente se parte en dos, y sale de él un bebé. Este bebé es el hijo del Rey demonio quien fue enviado para destruir la tierra, y Oga fue elegido para criarlo junto con la sirvienta del bebé, Hilda. La historia cuenta la vida de Oga Tatsumi con el niño y la escuela para delincuentes. Aunque la historia realmente empieza cuando él le comienza a contar a su mejor (y único) amigo Furuichi Takayuki cómo encontró al bebe.

Yura y Makoto Onoda son unos felices recién casados, pero ninguno de ellos tiene experiencia sexual. Desesperadamente dispuestos a mejorar su vida sexual, buscan la ayuda de sus familiares, amigos y "los medios de comunicación". Si bien su conocimiento sexual es cada vez mayor, los momentos embarazosos son muy frecuentes para la joven inocente.

Amores lejanos, mensajes de aliento, pequeñas aventuras, secretos inconfesables... Pocos objetos pueden reunir tantos sentimientos y revelaciones en tan poco espacio como una carta. Desde su velada creación hasta la ansiosa espera de su llegada, es cierto que somos personas distintas antes y después de leer una carta: tal vez más alegres, tal vez más melancólicos, pero siempre conservando la esperanza de que, algún día, podamos encontrarnos frente a frente con el autor de esas palabras. Pero en este mundo existe otra clase de cartas, cartas que solo pueden leerse una vez, que se expresan en más que simples frases. Pero, sobre todo, que traen consigo la certeza de que no volveremos a ver a su autor. A veces con seriedad, a veces en afán de redención, pero siempre con profunda tristeza... así lleva a cabo Fumika su milenaria labor: entregar el último mensaje de una persona fallecida a su ser más querido. Así, en medio de cientos historias inconclusas, Fumika nos muestra las últimas palabras que los que han partido le confían...

Se sitúa en Kyoto, donde conviven los tanuki, los tengu y los humanos. La historia sigue a la familia Shimogano, una familia de tanukis que vive en el bosque Tadasu no Mori del Templo Shimogamo.

En este anime, el director Shinichiro Watanabe nos narra las aventuras de Spike, Faye, Jet Black, Ed y Ein... Un grupo muy peculiar de caza-recompensas que viaja a través del sistema solar en la nave Bebop. Balas, emoción y diversión se encuentran en cada una de sus sesiones autoconclusivas, las cuales los llevarán a enfrentar a un gran adversario y viejo amigo de Spike.

Hinako Nakayama es una chica huérfana que un día se reúne con su hermano gemelo, Hikaru, quien le pide que ella lo sustituya en la Academia Shishiku haciéndose pasar por él. Hikaru es hijo de una poderosa familia de Yakuza, los Onigashima, y como tal, se espera que sea un hombre duro y se convierta en el líder de los beligerantes alumnos de la Academia Shishiku. Hinako tendrá que ocultar su verdadera identidad, fingir ser su hermano y pelear para llegar a lo más alto de la pirámide de poder de la Academia.

En Ikebukuro, un distrito de Tokio. Los Punks adolescentes se unen en la lucha de uno contra el otro. Los gángsteres tienen miedo de una leyenda urbana llamada "Dullahan", un jinete sin cabeza, que monta una motocicleta negra sin luces delanteras o sonidos de motor. Ryuugamine Mikado es un muchacho de instituto normal que busca a seres peculiares. Cuando él se trasfiere a Ikebukuro otra escuela en la ciudad, un loco se pelean por la cabeza de omisión(de acción de echar de menos) de Dullahan estalla.

Un grupo de alquimistas consigue ser inmortales gracias a un elixir que se les es otorgado por un demonio. Debido a sus confrontaciones y ambicia de poder, se ven obligados a separarse unos de otros a través del mundo. Pero siglos después vuelven a encontrarse ellos, más otros personajes que se hacen importantes a lo largo de la historia. El relato transcurre mientras el vicepresidente del Daily Days recuerda con Carol "los acontecimientos de 1930". La historia cuenta lo que sucede entre 1930 y 1932 aunque se centra en relatar el múltiple asalto al tren Flying Pussyfoot en 1931 desde muchos puntos de vista distintos, uno por cada grupo de pasajeros.

“Bienvenidos a Queen Dekim.” Lo que le espera a dos invitados es un extraño bar, Queen Dekim, y su barman de pelo blanco, Dekim. “Desde aquí ustedes dos comenzarán una pelea que pone en juego sus vidas”, él dice para introducir el Juego de la Muerte. Mucho antes de que la verdadera naturaleza de los invitados se vuelva aparente, por rutina, al final del juego Dekim se revela como el “juez”. ¿El juicio de Dekim para los dos invitados es…?