Cuando aún era una niña, Kotoko fue secuestrada por un yokai (una criatura que toma características humanas y animales). Estos espíritus la convirtieron en una poderosa intermediaria entre el mundo espiritual y el de los humanos, pero este poder tenía un precio: un ojo y una pierna. Ahora, años más tarde, vigila a los peligrosos yokai y va desarrollando sentimientos por un joven llamado Kuro, quien posee poderes curativos a causa de un incidente con un yokai y a quien le pide que se una al equipo para manejar a los renegados yokai, preservando la delgada línea entre la realidad y lo sobrenatural.
Academia Hyakkaou, una prestigiosa escuela privada. Aquí, en esta academia, los estudiantes se dividen en estratos sociales. De pie por encima de todos los demás está el Consejo Estudiantil, que gobierna sobre los estudiantes con sus juegos de apuestas. Es el cielo si ganas, y el infierno si pierdes. Los adeptos a los juegos de azar son la envidia de todos, mientras que los débiles se quedan a sufrir la locura de la academia. Nuestro protagonista pertenece a la categoría de los débiles y queda endeudado convirtiendo su vida en un infierno. Una chica con un apetito casi sexual a las apuestas se transfiere a esta academia, su nombre es Jabami Yumeko y le pide a Suzui Ryouta que le enseñe los alrededores, qué le depara al futuro de nuestro protagonista y esta misteriosa chica.
Los humanos han creado muchas historias. Alegría, tristeza, ira, emoción profunda. Las historias sacuden nuestras emociones y nos fascinan. Sin embargo, estos son los pensamientos de los espectadores. ¿Pero qué pasaría si los personajes de la historia tienen “intenciones”? Para ellos, ¿somos existencias divinas para traer su historia al mundo? Nuestro mundo ha cambiado. Reparte castigo en el mundo de los dioses. En Re:Creators todo el mundo se convierte en un Creador.
La historia se centra en Ayame Himuro y Shinya Yukimura, dos científicos que están enamorados el uno del otro. Quieren probar que su amor puede ser científicamente probado, cuantificado y expresado de manera objetiva.
«Hanako-san, Hanako-san… ¿estás ahí?»
En la Academia Kamome, abundan los rumores sobre los llamados Siete Misterios de la escuela, uno de los cuales es Hanako-san. Se dice que si utilizas el tercer puesto del baño de mujeres del tercer piso en el viejo edificio de la escuela, Hanako-san te concederá cualquier deseo una vez la invoques.
Nene Yashiro, una chica de preparatoria y estudiante de la Academia amante del ocultismo, se aventura a este baño encantado… ¡pero el Hanako-san que todos creían no tiene nada que ver con lo que imaginaban! ¡Resulta que Hanako-san en la Academia Kamome… es un niño!
