Trata sobre un joven de escuela preparatoria llamado Shinichi Kudo, que un día mientras estaba en un parque de atracciones siguió a unos hombres vestidos de negro que estaban haciendo tratos ilegales. De pronto uno de ellos coge a Shinichi por la espalda, lo golpea con un bate y lo droga con una pastilla que en teoría lo llevaría a su muerte. Pero esa pastilla tenía unos efectos secundarios: en vez de morir, encoge. Allí es cuando Shinichi Kudo de 17 años pasa a ser Conan Edogawa, de 7 años, un niño con mente de un adulto que busca la única y sola verdad.
Un estudiante de preparatoria llamado Hanamichi Sakuragi, que sufre una serie de rechazos amorosos hasta que un buen día conoce a una chica a quien le fascina el baloncesto. A causa de esto Hanamichi fingirá ser un deportista y se inscribirá en el club de baloncesto del colegio con la esperanza de poder impresionarla y salir con ella. Aunque con el tiempo descubrirá en el baloncesto un deporte que lo exigirá y pondrá a prueba sacando lo mejor de él.
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