Se trata sobre un Ikuto que tiene una pelea con su padre y escapa de casa en barco pero hay una fuerte tormenta y es arrastrado a una isla en donde solo hay mujeres entonces el tiene que adaptarse a este nuevo tipo de vida.
Un juegos ocial llamado The Magical Girl Raising Project otorga en este mundo la posibilidad de ser "una chica mágica" a una persona entre miles, lo que le proporciona capacidades físicas extraordinarias y poderes mágicos. Pero un día, en un distrito en el que hay 16 chicas mágicas, la administración anuncia que el número de estas debe reducirse a la mitad porque fallan los servidores de energía mágica. Al inicio las chicas mágicas han de competir por ver quién consigue más “"caramelos mágicos", pero las normas no tardan en cambiar y se convierte en una batalla de supervivencia en la que se asesinan unas a otras.
cualquier cosa. Un día, Yuzuka es acosada por una extraña criatura llamada Miton, que se encontraba merodeando un vertedero. Miton le dice “tienes madera para ser una chica mágica” en un tono sospechoso. De repente, Yuzuka es convertida en una magical girl con traje de baño.
Ikkou Satonaka un chico lujurioso y pervertido al cual sus padres decidieron internar en un templo budista para deshacerse de él. Además estando interno descubre que tiene el poder del sacerdote supremo, activado este poder cuando su mente se perturba lo suficiente (por ejemplo ver a las chicas desnudas). En el Teplo Saien también entrenan seis monjas: Haruka Amanogawa, Sumi Ikuina, Hinata y Sakura Sugai, Chitose Nambu y Yuko Atouda. Cada una de ellas representa uno de los bosatsu de los seis reinos menores de la Cosmología Budista y por tanto tienen los poderes correspondientes a cada uno de estos reinos.. Chitose es la protagonista femenina, y tiene una gran relación con Ikkou; él siempre está en el peor lugar, en el peor momento, recibiendo una buena paliza por parte de Chitose (similar a Naru y Keitaro de Love Hina). Como un efecto colateral de usar el poder especial de Ikkou, se convierte en un mayor pervertido que lo que usualmente es, lo cual acarrea una paliza mayor.
Negi Springfield se ha graduado de la escuela mágica y es enviado a japón para avanzar en sus estudios. El se convierte en profesor de ingles residente de una exclusiva escuela privada y el tiene que convivir con una enemiga de su padre y Asuna, quien le hace la vida un infierno y esto es antes de que ella descubra su secreto. El aprende sobre (y de) sus estudiantes y del mismo para poder convertirse en un mago maestro, como su padre lo fue anteriormente a el.
Decidido a convertirse en un Magister Magi (Mago Maestro). Y tras 7 años de estudios y entrenamiento en la escuela de magos, llega la prueba final, el último y más duro examen para llegar a ser un gran Magister Magi. El maestro instructor reparte a cada aspirante sus destinos y su misión que deberán cumplir. Y a Negi le corresponde ser profesor de inglés en la escuela Mahora en Japón, una escuela femenina. Además deberá tener cuidado de que nadie descubra que es un mago ya que podría suponer que le convirtieran en comadreja. Y así es como un niño de 10 años, nacido en Gales, con poderes mágicos y un nivel de inteligencia equivalente al de la universidad, se convierte en profesor de una clase de 31 alumnas de secundaria (entre 14 y 15 años), que lo tratan más como un juguete que como un profesor.
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