Tada Banri, es un estudiante de nuevo ingreso en una escuela privada de derecho en Tokio, después de la ceremonia de apertura, él estaba completamente perdido tratando de encontrar el camino hacia el salón de orientación para los de primer año. En ese momento, se encuentra con un estudiante de primer año, que también estaba perdido, Mitsuo Yanagisawa. De alguna manera llegaron al lugar donde se dirigían, pero de repente frente a los dos aparece una chica hermosa que sostiene un ramo de rosas. La chica golpeó a Mitsuo en la cara con el ramo. "felicidades, estudiante de nuevo ingreso", fue todo lo que dijo, y luego se fue. La mujer que golpeo a Mitsuo se trataba de su amiga de la infancia, Kaga Kouko. Cuando eran niños se habían prometido a casarse cuando algún día llegarán a cumplir sus sueños. Con el fin de escapar de ella, Mitsuo había salido secretamente y tomado el examen de este colegio privado muy conocido.
Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.
El final original de Neon Genesis Evangelion mostrado en los dos últimos capítulos de la serie de TV fue criticado unánimemente debido a la enorme cantidad de preguntas que dejó sin resolver. Sin más remedio, GAINAX decidió rehacer el final lanzando la película The End of Evangelion (El Final de Evangelion), que sustituye a los dos últimos episodios de la serie de TV. The End of Evangelion nos narra los acontecimientos ocurridos tras la muerte del último Ángel, revelándose un plan orquestado desde las sombras para forzar la evolución de la Humanidad, con un carácter cada vez más apocalíptico y oscuro mientras avanza la película, resolviendo las dudas dejadas de lado en el final original.
El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokio-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (Supremo Comandante de NERV), con la amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 para luchar contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.
La historia de fantasía se centra en Makoto Misumi, un chico ordinario de preparatoria que es enviado a un nuevo mundo como un valiente guerrero. Desafortunadamente, la diosa de ese nuevo mundo le dijo con desdén: “Qué feo eres”, lo despojó de su título y lo desterró a los confines más remotos del desierto.
Mientras deambulaba por la zona, Makoto se encontró con dragones, arañas, orcos, enanos y todo tipo de criaturas fantásticas. Debido a las diferencias en el entorno de su mundo natal, Makoto ahora exhibe extraordinarios poderes mágicos y de combate. Por lo tanto sobrevive en este mundo mientras se enfrenta a varias amenazas. Se levanta así el telón de la fantasía de reforma social del mundo alterno, centrada en un joven abandonado por los dioses y por los humanos.
Después de albergar un amor no correspondido por varios años, Naoya Mukai finalmente obtiene una cita con su amiga de la infancia, Saki Saki. Sin embargo, justo cuando intenta comprometerse con esta relación, recibe una abrupta confesión por parte de Nagisa Minase.
Al principio, Naoya intenta rechazarla pero pronto se ve abrumado por los sentimientos de no querer herirla. Tratando de evitar traicionar la confianza de su novia en él, Naoya piensa en una “solución” para hacer felices a ambas: salir con las dos. Naturalmente, Saki rechaza la idea, pero a través de la persistencia de Naoya y Nagisa, termina aceptando. Con esto, comienza un romance de tres integrantes entre Naoya, su novia y su otra novia, que de entrada ya tienen una relación que se desvía de la norma social.
Una historia dirigida a todos aquellos que como estudiantes sufrieron, lloraron, rieron o se ilusionaron con el amor. Tanto si el amor consigue abrirse paso como si no, las experiencias que surgen de él en la adolescencia son una parte importante de la juventud. Aquí cada personaje es su propio protagonista, y todo espectador encontrará alguno con el que identificarse.
Yoshiko Hanabatake es una chica... ¿normal? No mucho, porque en realidad es tonta, extremadamente tonta. Su pasión son las bananas, aunque también siente un gran apego por su amigo de la infancia, Akkun. ¡Y no hay más! Sus tonterías convertirán en una locura la vida de su amigo y de todos sus compañeros.
