La historia está protagonizada por Issei Hyoudou, un muchacho de segundo año de instituto bastante salido al que una chica asesina en la primera cita de su vida. Issei se reencarna como demonio, y desde ese mismo día trabaja como sirviente de Riasu, una chica demonio de altísimo nivel que resulta ser la más guapa y popular de todo el instituto.
En Europa Occidental durante tiempos de guerra, Eleanor “Ellen” Vertalia, una de las Vanadis de Zchted, dirige la batalla en Brune. Allí hay, siete Vanadis, nombrados así por obtener una poderosa arma del dragón para reinar individualmente siete territorios. El poder de los Vanadis invoca el terror y el miedo de sus enemigos. Un conde al servicio del país de Brune, un joven arquero bajo el nombre de Tigre, experimentó de primera mano el poder Vanadi después de ser derrotado en el campo de batalla por Ellen. Sin embargo, Ellen escogió perdonar su vida después de haber notado sus habilidades, pero a cambio, le pide que le sirva
Un territorio inescrutable e inexplorado conocido como Hell's Gate (La Puerta del Infierno), hizo aparición de pronto en el pasado, privando a Tokyo de su cielo original. Como consecuencia, aparecieron también personas con habilidades especiales, los Dolls (Marionetas) y los Contratistas. Las Marionetas son mediums carentes de emoción, mientras que los Contratistas poseen ciertos poderes especiales, y parecen tener como principal finalidad la de matar. Las agencias de inteligencia de todo el mundo utilizan Contratistas para encubrir secretos relacionados con la Hell's Gate, y llevan a cabo violentas batallas por la posesión de información al respecto.
En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.
La historia se desarrolla en Tokyo, durante el año 2039, 10 años después que un virus llamado ?Lost Christmas? atacase Japón, que ahora se encuentra controlado por la organización de varias naciones llamado GHQ. Ohma Shu tiene 17 años y tiene poderes especiales, la Habilidad del Rey, con el que suele tomar armas y herramientas de sus amigos. Aunque ha estado evitando meterse en problemas, eso cambiará cuando conozca a una chica llamada Yuzuriha Inori,miembro de la resistencia.
Shinichirou decide buscar un trabajo para poder pagar su renta, y su profesor le sugiere que haga las faenas domésticas en la casa de alguien. Sin embargo, la persona que lo contrató fue Sakuya, una chica que es la jefe N°37 de la familia Shimazu, y su trabajo es exorcizar y eliminar criaturas no deseadas. Shinichirou accidentalmente libera a una de las criaturas que Sakuya captura y colaboran para atraparla. ¡Una cómica historia de cacería de criaturas comienza!
La Tierra es invadida por seres extra-dimensionales, conocidos como ?Los Nova?. Kazuya perdió a su hermana en la guerra que se desató contra estos seres, y decide enrolarse en Genetics, una academia militar donde se entrena a las guerreras conocidas como Pandoras, quienes, mediante la implantación en sus cuerpos de un tejido conocido como Stigmata, adquieren las habilidades necesarias para combatir a los invasores. Pero, no pueden combatir solas, necesitan una pareja, un chico joven llamado Limiter, que evite el efecto de ?Freezing? (Congelamiento, del espacio-tiempo en este caso) que es lo que sucede siempre que los Nova aparecen. Kazuya terminará siendo el compañero de Bridget L. Satellizer, conocida como ?La Reina Intocable?, ya que por su ferocidad y carácter insoportable, es la única Pandora que jamás ha sido capaz de tener una pareja estable. Juntos, se ayudarán mutuamente para tratar de sanar las heridas del pasado.
En el continente Polyphonica, los espíritus se materializan y sobreviven gracias a la música interpretada por humanos. Aunque los espíritus no aparecen muy seguido, algunos tienen la capacidad de materializarse en forma humana o animal y vivir junto a los humanos. Los Dantistas, quienes interpretan música especial llamada "Commandia”, son muy respetados en este mundo. Generalmente tienen un contrato con poderosos espíritus. La historia de Shinkyoku Sokai Polyphonica gira en torno a un nuevo Dantista, Phoron Tatara, el espíritu con el cual hizo un contrato, Corticarte Apa Lagranges, y sus amigos, en su rutina diaria y su trabajo.
Senou Natsuru es un estudiante normal de secundaria. Sin embargo, ha sido elegido para ser un Kampfer, cuyo objetivo es luchar contra otros Kampfers con armas, espadas o magia, pero hay una condición, primero; no se puede elegir si se es o no un Kampfer, y segundo; tienes que tener el cuerpo de una chica para usar tus poderes.
