Akiyuki Takehara vive en una pequeña isla que se mantiene al margen de la guerra entre el Gobierno del Norte y el Continente del Sur. Éste vive con su madre, Fusa, divorciada recientemente del padre de Akiyuki, el Dr. Ryuzo, aunque padre e hijo aún se llevan bien. La historia comienza un día normal en el que Akiyuki intenta escaquearse de llevarle el mega-almuerzo a su padre antes de coger el autobús para irse al instituto. Una extraña explosión en la que se verán envueltos Akiyuki y sus amigos, Haru y Furuichi, cambiará sus vidas. Unas esferas brillantes han entrado en el brazo de Akiyuki produciéndole un gran dolor, aún dolido corre al auxilio de una chica con el pelo claro que se encuentra dentro del autobús calcinado, ella le otorgará el poder de convertirse en una criatura llamada Xam’d .
Para salvar a su hermano y sobrino, los cuales han sido raptados por un misterioso grupo religioso conocido como Genuine Love Society, Juri y su familia invocan un hechizo usando una piedra escondida por su abuelo para entrar en el mundo conocido como Statis, en el cual no pasa el tiempo.
Sin embargo, cuando se infiltran en la base de los captores, se encuentran con otra gente que puede moverse libremente en este mundo. Con criaturas grotescas acechando en cada esquina, ¿podrán salir de este mundo paralelo y regresar a sus vidas normales?
El primer juego está ambientado en la era Taisho, a principios del siglo XX. Para proteger a su familia, una chica decide casarse con un hombre cuyo nombre ni siquiera conoce. Sin embargo, antes de que pueda hacerlo, su hermano pequeño se suicida en un fuego misterioso, portando un enigmático libro en la mano. La Agencia de Tratamiento de Recursos de la Información de la Biblioteca Imperial (conocida también como Fukuro) aparece frente a la chica. Según esta organización, existen libros llamados Maremono que ejercen una gran influencia en aquellas personas que los leen. Además, la chica ha conseguido la habilidad de ver un Aura debido al incidente de su hermano. A pesar de su confusión, la protagonista decide abandonar la jaula que era su vida anterior.
Honey es una androide creada por el anciano profesor Kisaragi para que fuese su "hija". Ella no tenía idea de que era un ser artificial y hasta asistía a una escuela católica. Descubrió la verdad el día en que su "padre" fue asesinado por una organización terrorista llamada "Panther Claw", un mensaje de su padre le enseño que al decir "Honey Flash!" podía transformarse en lo que ella desease incluyendo una hermosa mujer de pelo rosado conocida como Honey. Honey juró vengar a su padre y destruir a Panther Claw.