Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.

Como un niño obeso, Makabe Masamune sufrió del implacable acoso y la burla de una chica en particular, Aki Adagaki. Decidido a vengarse algún día de ella, comienza con un riguroso régimen de superación y transformación personal. Años más tarde, resurge como un hombre nuevo: atractivo, popular, con notas perfectas y bueno en los deportes. Masamune se matricula en el mismo instituto de Aki, dispuesto a hacerle pagar por todas las humillaciones que sufrió años atrás. Pero ¿será la venganza tan dulce como él pensaba?

La historia se centra en el joven estudiante Yuri Mito, quien es el hijo único del encargado del templo Yachimata. En ese templo hay una leyenda sobre una deidad llamada Tayutayu-sama quien protege el área, pero esta deidad y otra así llamada Tayutai se han perdido en el tiempo. El joven Mito y sus amigos descubren una reliquia en los terrenos de la escuela con unos grabados misteriosos en ella. Después en la ceremonia de bienvenida de principio de año una chica igualmente misteriosa llamada Mashiro aparece frente a Mito. Esta chica está relacionada de alguna forma a la leyenda y a la reliquia.

La comedia romántica gira en torno a un estudiante de instituto bastante antisocial llamado Hachiman Hikigaya y que tiene una distorsionada visión de la vida, aparte de no tener amigos ni mucho menos novia. Cuando ve a sus compañeros de clase hablando alegremente de sus vidas adolescentes, él murmura que son todos una panda de mentirosos. Cuando le preguntan por sus sueños para el futuro, su respuesta es: ?no trabajar?. Un profesor sin embargo consigue enrrolar a Hachiman en el club de voluntariado, al que resulta que está también apuntada la chica más guapa del instituto, Yukino Yukinoshita.

Esta es una secuela de las series de Naruto, la cual sigue la historia de Boruto el hijo de Naruto. La aldea oculta de la hoja ha continuado su moderinización pero siempre manateniendo la paz. Carros eléctricos recorren toda la ciudad conectada por distritos llenos de rascacielos con enormes monitores mostrando todo tipo de imágenes. En esta era, la aldea oculta de la hoja es ahora una cuidad ninja solo en nombre ya que ahora muchas personas normales han venido a vivir aquí. También el estilo de vida de los ninjas ha cambiado... Boruto, el hijo del séptimo Hokage y el actual lider de la aldea, se ha matriculado en la academia ninja para aprender todo sobre lo que necesita saber en las artes ninjas. Los estudiantes que rodean a Boruto se refieren a él como "el hijo del Hokage", pero Boruto con su peculiar personalidad se hará un nombre por él mismo. Boruto encontrá nuevos amigos y aliados, pero ¿cómo podrá lidear con todos esos misteriorsos incidentes que se le presentarán? Es así como comienza la historia de Boruto Uzumaki.

La historia de las novelas tienen lugar en un pueblo conocido como Sakurada, donde más de la mitad de sus habitantes posee algún tipo de poder especial. La trama se centra en dos estudiantes: Kei Asai tiene la habilidad de recordar perfectamente cualquier cosa que ve o escucha, mientras que Misora Haruki puede volver atrás en el tiempo, con un límite de tres días. Ambos son miembros del “Club de servicio” del colegio, el cual es aprovechado por la administración del pueblo para vigilar a la gente con poderes y proteger la paz. Aprovechando sus poderes, resolverán varios casos. Kei descubre la piedra “MacGuffin”, aparentemente común, pero que en realidad resultará ser la clave para salvar Sakurada.

La vida de Tomoya Aki, un otaku de preparatoria que trabaja a medio tiempo para rellenar su colección de BDs. Con bastante suerte, se encuentra primero con Megumi Kato, la chica más hermosa que había visto. Naturalmente, el encuentro convirtió sus vidas en un complicado flujo de relaciones. Eriri Spencer Sawamura, su media-extranjera amiga de la infancia, siempre ha valorado su relación con Tomoya. Kasumigaoka Utaha, una fría, y renombrada genio de literatura que evita a todos menos al protagonista. ¿Qué es esto? ¿La introducción de un eroge? La historia de este pequeño círculo comienza a través del viaje a los territorios del Comiket y más allá.

Samatarou Kamiyama es el hijo de un dios que debe convivir con los humanos con su familia para aprender todo sobre ellos, y asi, convertirse en un mejor dios cuando tenga que suceder a su padre. Ademas de sus padres Osamu Kamiyama y Venus Kamiyama y hermanas Misa Kamiyama y Meme Kamiyama, Samatarou vive con su mejor amiga y angel guardian Tenko. Un dia Samatarou conoce y se enamora de Kumiko Komori, la nueva alumna, y decide lograr que sea su novia sin la ayuda de ningun poder celestial. Obviamente su familia trata siempre de entrometerse creando situaciones muy divertidas.

La historia gira en torno a Kizuna Hida, que visita la academia de defensa estratégica Ataraxia a petición de su hermana mayor. Allí conoce a Aine Chidorigafuchi, una chica que pilota la armadura mágica Zerosu. De repente, Aine se desnuda delante de Kizuna. “¡No mires, pervertido!” le dice Aine, a lo que el protagonista contesta “¡No, eres tú!”. Sin embargo, una comunicación sobre una misión importante llega de la hermana mayor de Kazuna. Esta misión es… frotar los pechos de Aina. De hecho, Kizuna resulta tener el poder de aumentar el nivel de una chica de esa forma. Con una batalla que les enfrentará a otro mundo, el futuro depende de su poder.

La historia de Kono Bijutsubu ni wa Mondai ga Aru! gira en torno a un club de arte de instituto formado por una chica con mucho sentido común, un chico cuya única inspiración es crear la novia perfecta en 2D y su presidente, quien siempre está durmiendo.

En un mundo en el que los humanos con poderes están cerca de ser aniquilados, los combates se libran con armas de fuego, relegando el uso de espadas al pasado. El protagonista de la historia, Takeru Kusanagi”, es un estudiante de la Academia AntiMagia, un centro en el que se forma a los Inquisidores de Herejes que cazarán a los magos en el futuro. Takeru es incapaz de usar una pistola y debe defenderse con espadas, por lo que es relegado al 35º pelotón de pruebas, también llamado “pelotón de moscas” por la debilidad de sus miembros. Sin embargo, Ouka Ohtori, una pistolera de élite que ya podría estar cazando magos, decide unirse a ese pelotón.

En la historia, cada personaje recibe un sobre, Izayoi Sakamaki, Asuka Kudou y You Kasugabe, cada uno de ellos posee grandes poderes Psíquicos por lo que se aburren de la vida diaria. Cuando ellos abren su sobre, se sorprenden al ver que el paisaje que los rodea cambia por uno totalmente desconocido. Ellos han sido convocados por Usagi Kuro para ayudarla a derrocar al Rey Demonio de la comunidad ?No Name?.