Taiki Kudou es un estudiante de septimo grado prodigio, q siempre lo gana todo. Un dia el escucha una voz misteriosa que le pide ayuda y empiezan a ocurrir sucesos extraños en ese momento, al encontrar al que le pide ayuda, Shoutmon un Digimon Melodia, se le aparece en frente de el "LoaderXross" (digivice de esta temporada) y lo elige para poder salvar el digimundo. Fue así que Taiki junto a sus amigos Akari Hinomoto y su rival Zenjirou Tsurugi se lanzan a un universo paralelo, el mundo digital (Digimundo) para asi poder ayudar a Shoutmon y a sus amigos Digimon para poder formar un ejercito para la guerra "Xross Wars" y asi salvar al digimundo de las nuevas fuerzas del mal que lo amenazan...
Todo comienza un año después de la victoria contra Bagramon en el equipo de Basketball "Xros Heart", un joven llamado Akashi Tagiru busca superar a su maestro Kudo Taiki y su compañero Amano Yuu. Cosas extrañas empiezan a ocurrir en el mundo humano y Tagiru escucha una extraña voz pidiendo ayuda. Tagiru es trasportado por un "Digi-Quartz" a un mundo paralelo y ahi conoce a Gumdramon quien pedia ayuda y a tres chicos Mogami Ryouma, Tobari Ren y Suzaki Airu quienes se hacen llamar "Digimon Hunters" Tagiru decide convertirce en un Digimon Hunter y un misterioso señor llamado Watchman le da un "Xros Loader", asi junto a Taiki y Yuu comienzan su nueva aventura.
La historia de corte echii se centra en Nanako Matsutaka que ha sido asignada al Seminario de Fisología Anormal, a pesar de que ella es una persona ordinaria con ninguna anormalidad en particular. Por otra parte, sus compañeros de clase, incluído el estudiante de nivel superior Komugi Musahi, quienes tienen casi todas las condiciones anormales de las que se puedan hablar.
Basada en la sugestiva obra de Tagro, esta historia protagoniza a unos disparatados estudiantes universitarios que están en un curso de Educación Sexual
La historia de esta comedia romántica comienza cuando Gris, una ángel quien posee un misterioso objeto con el cual puede convertir a dos personas que se besen en una pareja sin importar las circunstancias, aparece frente a Seiji Aino, un joven estudiante común. Accidentalmente, Gris utiliza su misterioso objeto en el, por lo que se verá obligada a convencer a Seiji de besar a Akane Hiyama, la chica más popular de su escuela y por la quien el se siente enamorado, ya que de lo contrario ella morirá. Sin embargo, la verdadera personalidad de Akane resultará ser un tanto distinta a lo que el se podría haber imaginado.
En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.
Las personas no nacen igual. El protagonista de esta historia es uno de esos casos raros que nacen sin superpoderes, pero esto no le impedirá perseguir su sueño: ser un gran héroe como el legendario All-Might. Para convertirse en el héroe que quiere ser, se apuntará a una de las academias de héroes más prestigiosas del país: Yueiko. Con la ayuda de su ídolo, All-Might, ¿podrá convertirse en un verdadero héroe?
Tres escuelas rivales dirigidas por sus guerreros (Toushis) líderes, luchan por ser la más fuerte de las tres; La academia de Kyosho con su líder Sousou Moutoku, la academia de Nanyo con Sonsaku Hakufu y Ryuubi Gentoku de la escuela de secundaria de Seito. Las tres escuelas buscan la energía que proporciona el ?Dragon de Jade?, una reliquia que, según antiguos escritos de hace 1.800 años, tiene la facultad de despertar y controlar los grandes poderes que proporcionan los ?Dragones? que poseen en su cuerpo los tres Toushi líderes y reencarnados en la actualidad en Sousou Moutoku, Sonsaku Hakufu y Ryuubi Gentoku. Tratan de cambiar y controlar su destino predefinido por sus Magatama (las piedras del Alma de los Toushi).
