La historia gira en torno a Kaito, un nuevo estudiante de la Academia Root, que es aficionado a los puzzles. Es seleccionado como candidato para el ?Phi Brain? por sus increíbles habilidades mentales. Un día él y su amiga de la infancia Nonoha se encuentran en unas ruinas cercanas a la academia lo que se conoce como ?el puzzle imposible de resolver?. El puzzle resulta ser una prueba de una organización llamada POG, y al resolverlo se convertira en el Solver, con lo que irá por el mundo resolviendo otros tantos puzzles supuestamente imposibles.
Los exámenes universitarios son uno de los principales factores que afectan a la vida de una persona. Dependiendo de los resultados obtenidos, la vida puede derivar en una de alta clase y honorable, o puede acabar convirtiendo a la persona en un despojo de la sociedad. Ante tal campo de batalla, los estudiantes hacen todo lo posible por "evolucionar" y sobrevivir. Los "tipo estudiante" son aquellos que estudian todo lo posible para memorizar lo que deben aprender, pero en el lado opuesto están los "tipo tramposo", que como su nombre indica, esperan ascender en la escala educacional usando todo tipo de trucos. Aunque en ocasiones ambos tipos deben colaborar, la rivalidad entre ellos es siempre patente.
El protagonista, "Mumei", es un Tipo T, mientras que la protagonista Kouei es una Tipo E. Ahora comienza una nueva batalla que supera a toda imaginación.
Kensou Tenma, un reconocido medico cirujano de origen japonés que vive en Alemania está apunto de experimentar una historia que le cambiará la vida : en el año 1986 en Dusseldorf mientras se preparaba para operar a una personalidad que llegaba en estado crítico, una pareja de niños también llegaba al hospital; la niña se encontraba en estado de shock y el niño estaba grave con una herida de bala en la cabeza. Debatiéndose entre lo más ético y en la moral, Tenma accede a operar al niño yendo en contra de sus superiores lo que le acarrearía problemas ya que con la muerte del paciente anterior, los directivos del hospital se encargaran de arruinar su reputacion...
