Nuestro protagonista Yumeji, que vive con su amiga Isana, desde hace 10 años puede ver las auras de los sueños de las personas, y saber que son según sus colores, ademas siempre ha tenido un mismo sueño sobre unos gatos callejeros que lo persiguen. Un día se encuentra a una misteriosa chica que se autodenomina Merry, con la que irá descubriendo muchas cosas sobre el mundo y los sueños, y juntos vivarán varias situaciones raras.
Takeshi Nanase es un estudiante de secundaria quien tiene un pasado un tanto oscuro. Debido a ciertas circunstancias, decidió empezar una relación de pareja "falsa" con su amiga de la infancia, Kurumi Isoshima. Sin embargo, un día, Takeshi se encuentra con Mui Aiba, una chica que lleva puesto un uniforme que nunca había visto antes, desplomada en el suelo de su instituto. Este encuentro cambiara el destino de Takeshi por completo, pues esta chica le cuenta a Takeshi que es una maga, y se disculpa con el, pues le ha convertido en mago también. Así pues, Takeshi descubre que no hay uno, sino dos mundos, el de los magos y el de los humanos.
En un futuro distante,la alianza galáctica humana ha estado constantemente luchando para su supervivencia contra unos seres llamados "Hidiaasu". Durante una intensa batalla, el joven teniente Redo y su arma móvil humanoide son tragados por una distorsión del espacio y del tiempo en el planeta Tierra. En este planeta inundado por los mares, las personas viven en flotas de gigantes buques. Redo llega a uno de las flotas llamada Gargantia. Sin ningún conocimiento acerca de este planeta, historia o cultura, el es forzado a vivir junto a Amy, quien sirve como mensajera abordo de Gargantia, y le ayudara a adaptarse a una vida pacifica.
Historia original de ciencia ficción que tiene a una chica de 14 años como protagonista, la historia toma lugar en una pacifica isla llena de naturaleza y tecnología.
Mato Kuroi una alegre y activa chica llega a su primer día de instituto, y una joven le llama la atención, se trata de Yomi Takanashi una chica madura que va a su misma clase. Ambas entablan amistad, una amistad que se irá fortaleciendo a traves del tiempo. Tras su llegada a segundo año de instituto son separadas y empiezan a distanciarse. Mientras tanto en algun lugar dos chicas se enfrentan entre ellas, una llevando una enorme arma de fuego de alto calibre (Black Rock Shooter) y la otra llevando una guadaña negra (Dead Master), ambas guardan un parecido considerable con las jovenes Yomi y Mato.
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