La historia está protagonizada por un estudiante de instituto que es raptado por toda una señorita rica como “muestra de la gente corriente”. Será así como entrará en un mundo lleno de chicas de la élite prácticamente aisladas del mundo real.

La historia nos traslada a un futuro cercano en el que espíritus y monstruos son algo común. Un chico llamado Haruhiko Ichijou lidera un grupo de adolescentes con habilidades especiales que se enfrentarán a una enorme organización que saca ventaja de cierto incidente y, con el tiempo, eso les llevará a descubrir la verdad que oculta su propio mundo.

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

Los estudiantes de la clase 3-E tienen una misión: asesinar a su profesor antes de la graduación. Él ya ha destruido la luna, y prometió destruir la Tierra si no es asesinado dentro de un año. Pero, ¿cómo podrá esta clase de inadaptados asesinar a un pulpo extraterrestre, capaz de alcanzar la velocidad Mach 20, y que quizás ha sido el mejor profesor que han tenido?

Con la repentina aparición de los monstruos que vinieron a ser llamados Dragones, el mundo ha cambiado completamente. Mucho antes, dentro de la raza humana, chicas supernaturales con el poder de los dragones llamadas “D”, nacieron. La existencia secreta del único “D” varón, el chico Mononobe Yuu, fue llevada a la fuerza a la escuela donde las chicas “D” se reúnen. Midgar, donde él vio el cuerpo desnudo de una de las estudiantes, Iris. Además, después del encuentro con su hermana perdida Mitsuki, ¡¿Yuu parece haber sido enlistado en esa escuela…?! ¡Las cortinas para la “única historia” sobre el chico que se convertiría en el más fuerte asesino y las incompetentes chicas se abren!

Cuando se descubren dos portales en unas antiguas ruinas, la puerta a Shinaki, el reino de los Shinzoku (Dioses), y la puerta a Makai, el reino de los Mazoku (Demonios) se abren de forma irreversible. Las razas de los humanos, Shinzoku y Mazoku conviven en el mundo mortal y nada vuelve a ser lo mismo. Un día, dos nuevas familias se mudan a los lados de la casa de un joven que antes estaba viviendo una vida pacífica. En una casa vive la familia del Rey de los Dioses, mientras que en la otra vive la familia del Rey de los Demonios. Ambas familias tienen una hija cuyo deseo es vivir al lado del chico del que se enamoraron hace algunos años. Junto con el joven vive su compañera de la infancia. Mientras que estas chicas compiten por ganar su afecto, el joven encunetra que su nueva vida estará llena de celos y problemas.

A Hinako Sakuragi le cuesta mucho hablar con otras personas. Para poder superar su extrema timidez, Hinako decide marcharse de su casa en un pueblo de interior para ir a estudiar a la preparatoria que cuenta con el club de teatro que tanto admira, con lo que vivirá en la residencia Hitotose-sou. Allí conocerá a Kuina, quien adora los libros y comer, a Mayuki, un poco mayor aunque no lo parezca y que adora cocina, y a la sexy casera Chiaki-san. Una tierna comedia sobre la vida diaria de una chica que tiene que vencer la timidez.

La historia gira en torno a Kobayashi, una oficinista normal y corriente que lleva una vida aburrida y solitaria en su pequeño departamento, hasta que un día, le salva la vida a una dragona en peligro. La dragona, llamada Tohru, tiene la habilidad de transformarse mágicamente en una adorable chica humana (aunque con cuernos y una larga cola), que hará cualquier cosa para devolverle el favor a Kobayashi, incluso proclamarse a si misma como su sirvienta. Viviendo junto a una persistente pero amorosa dragona como compañera de piso, la vida normal de Kobayashi está a punto de irse al garete.

Takeyaka Yuki es una chica que ama a su escuela. Para ella, es un lugar maravilloso donde puede disfrutar de las actividades escolares, pero en especial ama el club donde pertenece: “El Club de vida escolar”. En dicho club también están inscritas Rii-chan como presidente, y las miembros Kurumi-chan y Megu-nee. Yuki ama su escuela… al menos eso cree en su mente, ya que la realidad es muy diferente, y algo difícil de percibir para ella.

Kosaka Kyosuke edad 17 años, un estudiante normal de secundaria, no se lleva bien con su hermanana menor, Kirino, en años, hasta donde el recuerda, Kirino siempre le ve con desprecio. Parecia como si la relación entre Kyosuke y su hermana, ahora de 14 años, seguiría así para siempre. Un día, sin embargo, Kyosuke encuentra una caja de DVD de un anime Magical Girls titulado Hoshikuzu Bruja Merle (Stardust Bruja Merle), que había caído en un pasillo de su casa. Para sorpresa de Kyosuke, dentro de la caja esta oculto un Ero-Game (video juego para adulto) titulado imoto a Koishiyo (Let's Fall in Love Little Sister), Kyosuke intenta descubrir el culpable, trayendo el tema del anime durante la cena familiar. Todo lo que sale es una fuerte reacción negativa de sus padres, especialmente su padre un anti-otaku. Esa noche, Kirino irrumpe en la habitación de Kyosuke, en tal vez la primera conversación que ha iniciado con él en años, dice que "tiene cosas de qué hablar"...

Eita Kidou, después de entrar en la escuela secundaria, se dedica a estudiar incansablemente, y su gran objetivo es entrar a la Universidad Nacional de Medicina. Debido al divorcio de sus padres, se prometió rechazar todo lo relacionado con el romance o el amor y dedicarse al estudio. Pero un día esto acabaría, pues la nueva belleza de la escuela, Masuzu Natsukawa, una chica con el pelo color plateado que acaba de regresar a Japon, entró en la vida de Eita de la manera más inesperada. Su amiga de la infancia que está con él desde la escuela primaria, Chiwa Harusaki, no dejará pasar esto sin luchar.

Una puerta hacia otra dimensión se ha abierto, y desde ella emergen gigantescas e invencibles criaturas que amenazan a toda la humanidad. ¡La única defensa de la Tierra es un misterioso grupo de guerreros que han cooptado la tecnología alienígena para poder luchar contra ellos!