Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.

La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente, y para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió, decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa en existencia: el Hiten Mitsurugi Ry?, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Seijuro Hiko , que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba, donde 3 hermanas lo habian adoptado como hermano menor. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ry?, Sanosuke, Yahiko y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia.

Un joven niño llamado Shinta es salvado por Hiko Seijuro y dado el nombre de Kenshin. Él entrena a Kenshin en el camino de Hiten Mitsurugi Ryuu, una técnica de espada sin rival. Como la guerra civil se intensifica, el joven Kenshin siente que su deber es ayudar a salvar personas. Lo que hace convertirse en el más temido Hitokiri Battousai.

"Seisouhen" puede traducirse más o menos como "los años que han pasado". La historia tiene su punto de partida después de varios años desde que Kenshin decidió no esgrimir más su espada y decidió no volver a luchar. Otros personajes conocidos toman parte en esta parte, como Yahiko, que ha crecido hasta convertirse en un adulto. Kenshin y Kaoru se han casado y tienen un hijo llamado Kenji. La conclusión de la historia de Kenshin, en la cual acosado por una grave enfermedad, toma la desición de dejar su familia para ir en una misión para redimirse de sus pecados como asesino.

La historia comienza cuando Mithril, una organización de mercenarios que existe para mantener la paz mundial, se entera que una estudiante japonesa de nombre Kaname Chidori es el próximo blanco de la KGB (una de tantas organizaciones terroristas que la quieren capturar), ya que la han identificado como una posible "whispered". Entonces mandan un escudaron para protegerla, siendo el más competente Sagara Sousuke. Es entonces cuando la historia se torna cómica cuando el joven soldado Sagara interactúa con gente civil y normal, claro sin olvidarse de la trama y los enfrentamientos que suceden entre Mithril y sus misteriosos enemigos.

La historia tomará lugar en el año 2307 de nuestra época, En esta epoca, el petróleo es un bien escaso y la humanidad tiene que confiar principalmente en la energía solar. Este mundo está dividido en tres bloques politicos: La Unión de energía solar y naciones libres (ユニオン; basada en la OEA, Australia y Japón), La liga de reforma humana (人類革新連盟; basada en China, Rusia e India) y y la Unión avanzada Europea basada en la Unión Europea. Las constantes guerras por motivos religiosos, energéticos o colonizadores hace actuar a ?Celestial Being? (Ser Celestial), una ?organización paramilitar empeñada en erradicar la guerra? que pretende utilizar a los mobile suit Gundams para lograrlo. El protagonismo recae en Setsuna F. Seiei (刹那・F・セイエイ, Setsuna F. Seiei), el junto a otros 3 gundam meisters lucharan por un mundo que pueda vivir en paz, usando 3 gundams muy diferentes, la paz es el objetivo principal de Celestial Being

2312 A.D. Cuatro años han pasado desde la batalla final entre Celestial Beig y Fuerzas de la UN. La humanidad, después de haber establecido la Federación de Terrestre, constituye una fuerza de seguridad independiente. Pero la realidad es la opresión inhumana de la lucha contra el gobierno de poderes, las doctrinas y las ideologías. Setsuna F. Seiei, después de sobrevivir a la batalla hace cuatro años, ha decidido una vez más, luchar con su Gundam.

Mobile Suit Gundam SEED está ubicada en el año 71 de la Era Cósmica (EC). La trama empieza con una guerra entre la Tierra y las Colonias, similar a la "Guerra de un Año" que pudimos ver en la serie original de Gundam. Por un lado está la Alianza Terrestre y por el otro las Colonias Espaciales que conforman la Alianza Zodiacal para un Tratado de Paz (ZAFT, por sus siglas en inglés) La humanidad ha evolucionado en nuevas formas gracias a la ingeniería genética, con lo cual se ha creado un abismo entre los seres humanos normales ("Naturales") y los alterados ("Coordinadores"). Siguiendo con la tradición de la franquicia, nuevamente un joven civil que odia la guerra se encuentra pilotando un Gundam, y esta vez el héroe es un Coordinador llamado Kira Yamato. Al principio se ve obligado a luchar contra su propia gente, pero ahora se encuentra en medio de una guerra entre dos gobiernos cuyo único objetivo es el genocidio.

La historia se desarrollará en la Neo Tokyo del año 0051 G.C. (Galaxy Century), el cual marcará el primer medio siglo desde que la humanidad realizó contacto con otras razas. Los humanos obtuvieron la tecnología necesaria para viajar a la velocidad de la luz y han formado una comunidad de planetas en conjunto con los alienígenas. En este ambiente encontramos a Robby Yarge, un reportero freelance de unos 30 años que lleva una mala racha: primero lo despiden del trabajo por no poder cumplir lo pactado, su novia lo abandona, casi muere en un accidente de tráfico y sus deudas hacen que los matones acudan en su búsqueda. Un día un ladrón roba a Robby y un joven aparece para ayudarle. Es Hatchi Kita, un trabajador a medio tiempo de 18 años que atrapa al criminal y devuelve a Robby sus pertenencias. El reportero, agradecido, lo invita a comer, pero ambos no tardan en descubrir que no tienen nada en común y tras el agradecimiento, se despiden. No tardan en reencontrarse, puesto que Hatchi es cobrador de deudas para un matón llamado Yan y acaba teniendo que ir a buscar a Hatchi, con lo que comienza una persecución entre ambos por todo el espacio que acaba con Robby buscando Isekandar, un planeta distante en la Vía Láctea que se dice que hace feliz a cualquiera que vaya allí. Lo que no esperaba era encontrar a Hatchi en su nave, pero finalmente ambos decidirán recorrer juntos la galaxia buscando el legendario planeta.