Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Shinichi Sakurai solo desea un poco de paz y silencio en su vida. pero Hana Uzaki (su ruidosa y bien desarrollada kouhai) tiene otros planes. Todo lo que ella quiere es pasar el rato con él y molestarlo un poco. ¡Con la ayuda de su encanto e insistencia, este podría ser el inicio de una hermosa relación!
Los “Siete Pecados Capitales”, un grupo de caballeros malignos que conspiraron para derrocar al Reino de Britania, se dice que fueron erradicados por los Caballeros Sagrados, aunque algunos dicen que aún viven. Diez años después, los Caballeros Sagrados dieron un golpe de estado y asesinaron al rey, convirtiéndose en los nuevos y tiránicos regidores del reino. Elizabeth, la única hija del rey, emprende un viaje para encontrar a los “Siete Pecados Capitales” y conseguir su ayuda para recuperar el reino.
