Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.

A muchos kilómetros de profundidad, bajo la ciudad de Tokyo, existe un desconocido y vasto submundo llamado "Tokyo Subterráneo". Ahí existen personas conocidas como "Usuarios Elementales"; gente que tiene la capacidad de manipular elementos como el fuego, el agua, la electricidad, etc. Las protagonistas Chelsea Rorec y Ruri Sarasa escapan y son perseguidas por los miembros de una organización llamada "La Compañía". En la superficie se encontraran con Asagi Rumina y con Ginnosuke Isuzu, dos alumnos de preparatoria, cuyas vidas se volverán una aventura en la que no faltarán las batallas entre individuos capaces de dominar los elementos.

En el siglo pasado, la humanidad fue atacada por un desastre sin precedentes... el impacto “Invertia”. El mundo fue completamente destruido. Sin embargo, los humanos adquirieron un nuevo poder: el “Genestella”.

En esta historia de acción y fantasía, nos ponemos en la piel de Guren, un profesor a tiempo parcial en una escuela de magia. Sin embargo, sus métodos de enseñanza son algo particulares: al llegar a clase escribe en la pizarra “Estudio personal” y se echa una siesta. Una de sus estudiantes, Sistina, no puede tolerarlo y le reta a un duelo que el profesor pierde. Sin embargo, cuando la escuela se ve amenazada, Guren muestra una determinación inquebrantable por proteger a sus estudiantes.

Tada Banri, es un estudiante de nuevo ingreso en una escuela privada de derecho en Tokio, después de la ceremonia de apertura, él estaba completamente perdido tratando de encontrar el camino hacia el salón de orientación para los de primer año. En ese momento, se encuentra con un estudiante de primer año, que también estaba perdido, Mitsuo Yanagisawa. De alguna manera llegaron al lugar donde se dirigían, pero de repente frente a los dos aparece una chica hermosa que sostiene un ramo de rosas. La chica golpeó a Mitsuo en la cara con el ramo. "felicidades, estudiante de nuevo ingreso", fue todo lo que dijo, y luego se fue. La mujer que golpeo a Mitsuo se trataba de su amiga de la infancia, Kaga Kouko. Cuando eran niños se habían prometido a casarse cuando algún día llegarán a cumplir sus sueños. Con el fin de escapar de ella, Mitsuo había salido secretamente y tomado el examen de este colegio privado muy conocido.

Shizuku Mizutani es una chica a la que no le interesa nada aparte de sus estudios y sus planes de futuro. Haru Yoshida es un chico que está siempre ausente y al que cuando un día Shizuku le toque llevarle los deberes a su casa, se creerá que ella quiere ser su amiga. Por cosas de la vida, ella descubre que él no es tan malo como le pintan en el instituto y acabará siendo más amable con él? hasta que él decide declararle su amor.

Sakai Yuuji, estudiante de secundaria del instituto Misaki, quien llevaba una vida normal, se ve en serios aprietos cuando se ve atrapado en una batalla contra un "Guze no Tomogara", seres devoradores de almas, sin embargo es salvado dramáticamente por una "Neblina de Llama" llamada "La cazadora de ojos y pelo ardientes" que le cambia por completo su vida cuando el chico se entera que ya había muerto? su "yo" ya había sido devorado, que él era una "antorcha", los restos de su alma, y que iba a desaparecer sin dejar rastro. En ese momento entabla una complicada relación con aquella chica a quien él osadamente llamó Shana. Ella se ve obligada a proteger al chico cuando se enteran que éste es un "Mistes", una "antorcha" única que encierra un tesoro en su interior, de ahí comienza una difícil batalla contra los "Guze no Tomogara" por proteger el tesoro que carga Yuuji y la ciudad en la que todos viven de una devastación casi inminente, mientras tanto Shana no sabe como arreglárselas para encajar en la vida del estudiante de secundaria...

La historia está ambientada en el año 2027. Shun Hao Xuan es un adolescente común y corriente que planea vivir su vida tranquilamente y sin grandes metas. Pero todo eso cambia cuando un día es secuestrado por unos terroristas. Todo parece perdido cuando es elegido para ser el primero en ser ejecutado, pero milagrosamente es salvado por una extraña chica... Liu Li es un formidable Vanguard que se retirará en 380 días. Sin embargo, ella recibe una última misión ...

La historia gira en torno a Lux, el ya-no-príncipe de un imperio llamado Arcadia que fue derrocado por una rebelión cinco años antes. Accidentalmente Lux se mete en la zona de baños de un dormitorio femenino, ve a la nueva princesa del imperio desnuda, y desata su ira. La muchacha, llamada Lisesharte, reta a Lux a un duelo con Drag-Ride, unas antiguas armas mecánicas blindadas que se han rescatado desde las ruinas de lugares de todo el mundo. Lux solía ser conocido como el Drag-Knight más fuerte, aunque ahora es el “invicto más débil” porque nunca atacaría en la batalla. Después del duelo con Lisesharte, Lux termina asistiendo a una academia femenina que entrena a miembros de la realeza para ser Drag-Knights.

Los personajes de diferentes juegos lanzados por Falcom (por ejemplo Dragon Slayer, La Leyenda de los Héroes, y la serie Ys) se unen en una escuela.